حدد قانون تنظيم الجامعات الخاصة والأهلية، اختصاصات "مجلس الجامعات الخاصة والأهلية"، ووفقا للقانون، يختص هذا المجلس بمتابعة وتطوير وضمان جودة العملية التعليمية والبحثية وله فى سبيل ذلك على الأخص ما يأتي:
1 - رسم السياسة العامة للتعليم الجامعي والبحث العلمي بالجامعات الخاصة والأهلية والعمل على تنسيقها مع مؤسسات التعليم العالى الأخرى وذلك في إطار السياسة العامة للتعليم العالي والبحث العلمي بما يتفق وحاجة البلاد.
2 - متابعة سير العملية التعليمية والبحثية بالجامعات الخاصة والأهلية، من خلال التقارير السنوية لأدائها ومتابعة تطبيق المعايير القياسية والمعتمدة ومناقشة الجداول الزمنية للتقدم إلى الهيئة القومية لضمان جودة التعليم والاعتماد.
3- دراسة تقارير الهيئة القومية لضمان جودة التعليم والاعتماد فيما يخص الجامعات الخاصة والأهلية واتخاذ ما يلزم من إجراءات وفقًا لقانونها رقم 82 لسنة 2006.
4- التنسيق بين نظم الدراسة والامتحان والدرجات العلمية في الجامعات الخاصة والأهلية فى إطار السياسة العامة للتعليم العالى.
5 - تنظيم قبول الطلاب وتحديد أعدادهم وفقًا لمعايير الجودة.
6 - المتابعة الدورية لتنفيذ سياساته وقراراته فى الجامعات الخاصة والأهلية.
7 - دراسة ما يعرض على المجلس من حالات مخالفة الجامعة الخاصة أو الأهلية للقانون أو اللائحة أو قرار إنشائها أو نظمها أو قرارات المجلس واقتراح التدابير الكفيلة بإزالة أسباب المخالفة ومتابعة مدى تنفيذها.
8 - إبداء الرأى فيما يعرضه عليه الوزير المختص بالتعليم العالى.