حدد قانون الجمارك الصادر برقم 207 لسنة 2020، الفارق بين المستودع الجمركي والمخازن الجمركية المؤقتة، حيث المستودع الجمركي عبارة عن المكــان الــذي يرخـص فيــه بتخــزين البضــائع غير خالصة كامل الضرائب والرسوم أو بإجراء بعض العمليات عليها تحت رقابة المصلحة ومسئولية المرخص له باستغلال المستودع .
أما المخازن الجمركية المؤقتة فهى الأماكن المرخص بها من المصلحة داخل الموانئ لتخزين البضائع تحت رقابة المصلحة لحين تقديم البيان الجمركي وإتمام الإجراءات الجمركية .
ووفقا للقانون، تتولى مصلحة الجمارك أعمال الرقابة الجمركية، وإتمام الإجراءات الجمركية اللازمة للتخليص والإفراج عن البضائع الواردة والصادرة والعابرة، وتحصيل الضريبة الجمركية وجميع الضرائب والرسوم الأخرى المستحقة عليها، وإدارة نظامي السماح المؤقت ورد الضريبة، وتطبيق القوانين واللوائح والقرارات المتعلقة بعمليات دخول وخروج وعبور البضائع .
كما تتولي المصلحة أعمال الرقابة الجمركية فيما يتصل بحماية حقوق الملكية الفكرية الخاصة بالبضائع على امتداد الإقليم والخط الجمركيين، كما لها أن تتخذ جميع الإجراءات التي تراها كفيلة لتأمين وتيسير حركة التجارة الدولية، وذلك بالتنسيق والتعاون مع غيرها من الجهات المختصة.
وللمصلحة أن تتخذ أو تطلب من الجهات المختصة اتخاذ جميع التدابير التي تراها كفيلة بمنع التهريب، ولها أن تتبع البضائع المستوردة التي يتم عرضها للبيع عن طريق المواقع الإلكترونية، وكذا البضائع المنقولة داخل البلاد بنظام الترانزيت غير المباشر وذلك بجميع الوسائل المتاحة بما فيها التتبع الإلكتروني، ويجوز بقرار من الوزير أو من يفوضه اتخاذ تدابير خاصة داخل نطاق الرقابة الجمركية لمراقبة بعض البضائع .