نص قانون الجمارك على "تقدر رسوم خدمات النافذة الواحدة ومقابل خدمات الاستعلام المسبق والأعمال التى تقوم بها المصلحة بناءً على طلب من ذوى الشأن فى سبيل تنفيذ أحكام هذا القانون في غير أوقات العمل الرسمية أو خارج الدائرة الجمركية بما لا يجاوز عشرة آلاف جنيه لكل منها ، وتحدد اللائحة التنفيذية لهذا القانون شروط وإجراءات الاستعلام المسبق وفئات الرسوم والمقابل المقررة عن جميع الخدمات التي تقدمها المصلحة، وحالات خفض المقابل وأثمان المطبوعات والنماذج والأقفال الجمركية ، ولا يدخل المقابل المشار إليه في نطاق الإعفاءات الجمركية أو رد الضرائب أو الضمانات .
وتودع المبالغ المحصلة تحت حساب مقابل الخدمات الفعلية التي تقــدمها المصلحة للغير في حساب خاص باسم المصلحة لدي البنــك المركزي بحساب الخـــزانة الموحد ، ويصرف من هذا الحساب في تطوير وتحديث البنية التحتية والخدمية وتطوير الموارد البشرية بالمصلحة، وذلك بموجب قرار يصدر من الوزير ، على أن يرحل الفائض من هذا الحساب مـن عام لآخر .
الجدير بالذكر أنه وفقا للقانون "مع مراعاة أحكام الاتفاقيات الدولية التي تكون جمهورية مصر العربية طرفًا فيها ، تكون القيمة الواجب الإقرار عنها للأغراض الجمركية في حالة البضائع الواردة هي قيمتها الفعلية مضافًا إليها جميع التكاليف والمصروفات الفعلية المتعلقة بالبضائع حتي ميناء الوصول في أراضي الجمهورية ، علي أن يتضمن الإقرار العناصر التفصيلية للبضاعة والقيمة المتعلقة بها للأغراض الجمركية".