حدد تقرير اللجنة المشتركة من لجنة النقل والمواصلات، ومكاتب لجان الزراعة والرى والأمن الغذائى والثروة الحيوانية، الإدارة المحلية، الشئون الدستورية والتشريعية، والدفاع والأمن القومى عن مشروع قانون النقل النهرى عدد من الأهداف الهامة التى تتيحها التعديلات الجديدة منها، تنظيم خدمات النقل النهرى للركاب والبضائع بين المحافظات بما يكفل وضع الضوابط والمعايير والأطر اللازمة لممارسة أنشطة نقل الركاب والبضائع من خلال إصدار تراخيص مزاولة أعمال نقل الركاب والبضائع والمهمات والمواد بجميع أنواعها والحاويات وتحديد الخطوط الملاحية وتشغيلها وادارتها ووضع القواعد الخاصة باستخدامها ووضع المواصفات الفنية والشروط والقواعد المنظمة للملاحة الداخلية والمحددة لتكاليف معاينة الموانئ النهرية والمراسى والوحدات النهرية الآلية وغير الآلية.
ومن الأهداف أيضا دعم تكامل خدمات النقل ورفع مستوى أداء المشتغلين بها وتحقيق أكبر قدر من معايير الأمن والسلامة لوسائل النقل النهرى، وتوفير أعلى درجات الأمان للناقلين ولمستخدمى تلك الوسائل.
ومن بين الأهداف تشجيع الاستثمار فى مجال النقل النهرى عن طريق وضع تنظيم قانونى محكم لتسهيل إجراءات استخراج التراخيص من خلال إنشاء وحدة إدارية بالهيئة تختص بإنهاء الإجراءات والحصول على الموافقات اللازمة لإصدار التراخيص والتصاريح الملاحية التى تصدرها الهيئة ويُندب للعمل بها الكوادر الفنية والإدارية من الجهات المعنية (نظام الشباك الواحد)، هذا بالإضافة إلى السماح للهيئة بإنشاء شركات مساهمة مع شركاء آخرين بغرض إنشاء وإدارة وتشغيل وصيانة واستغلال الموانئ والمراسى النهرية والأهوسة الملاحية التابعة للهيئة والقنوات الملاحية وجميع أعمال النقل النهري.