حدد القانون رقم 157 لسنة 2018 بشأن إنشاء هيئة تنمية الصعيد، اختصاصات مجلس إدارة الهيئة هو السلطة العليا المهيمنة على شئونها ويتولى إدارتها، وله أن يتخذ ما يراه لازما من القرارات لتحقيق الأهداف التي أنشئت الهيئة من أجلها في إطار الخطة العامة للدولة، ويباشر اختصاصاته على الوجه المبين في هذا القانون، وله على الأخص:
١- وضع السياسة العامة للهيئة بما يكفل تحقيق أهدافها.
٢- وضع خطة متكاملة لتحقيق متطلبات التنمية الشاملة للمناطق المستهدفة، واعتماد السياسات والأهداف العامة للدولة.
٣- اتخاذ كافة الإجراءات والقرارات التي تكفل تنفيذ المشروعات في المناطق التابعة للهيئة وفقا للبرامج الزمنية المحددة لها، مع ضمان الصرف على بنود الإنفاق المخصصة لها وفقا للدراسات المعتمدة والأغراض المستهدفة.
٤- النظر في التقارير الدورية وتقارير المتابعة التي تقدم عن سير العمل بالهيئة والمشروعات المقامة بمناطق تنمية الصعيد على النحو الذي تحدده اللائحة التنفيذية لهذا القانون.
٥- وضع نظام للرقابة والمتابعة وقياس معدلات الأداء طبقا للمعايير الاقتصادية العالمية.
٦- الموافقة على التعاقد مع الشركات وجهات الخبرة الأجنبية والمحلية لإقامة أو تنفيذ المشروعات التي تقيمها الهيئة.
٧- الموافقة على تأسيس شركات مساهمة بمفردها أو مع شركاء آخرين أو المشاركة في شركات قائمة.
٨- اعتماد الهيكل التنظيمي للهيئة وجداول الوظائف بها.
٩- تحديد مقابل الخدمات التي تقوم بها الهيئة.
١٠- إقرار مشروع الموازنة السنوية للهيئة وحسابها الختامي.
١١- اقتراح اللوائح الداخلية المتعلقة بالشئون الفنية والمالية والموارد البشرية والمخزنية والمشتريات وغيرها من اللوائح التي تتطلبها طبيعة عمل الهيئة، وذلك دون التقيد بالقواعد والنظم الحكومية.
١٢- قبول المنح والتبرعات والهبات والإعانات، وعقد القروض والتسهيلات الائتمانية بعد موافقة مجلس الوزراء وذلك بما لا يتعارض مع أهداف الهيئة ويتفق مع أحكام القانون.
١٣- الموافقة على إنشاء فروع للهيئة.
١٤- التوجيه بإجراء البحوث والدراسات ذات الصلة بأنشطة الهيئة ومشروعاتها.
١٥- وضع قواعد للتعاقد مع المصريين أو الأجانب للتعيين بصفة مؤقتة في الوظائف التي تتطلب مؤهلات أو خبرات خاصة طبقا للقواعد التي تحددها اللائحة التنفيذية لهذا القانون وذلك في حدود نسبة لا تجاوز (١٠%) من العاملين بالهيئة.
١٦- النظر فيما يحيله إليها رئيس مجلس الوزراء أو رئيس مجلس الإدارة من مسائل أخرى تدخل في اختصاصها.
ويجوز لمجلس الإدارة أن يفوض رئيس مجلس الإدارة أو أحد أعضائه بصفة مؤقتة في بعض اختصاصاته أو في أداء مهمة محددة.