نص قانون الهيئة القومية لسلامة الغذاء، على أن يكون للهيئة مجلس إدارة، ويكون له رئيس متفرع من ذوي الخبرة باختصاصات الهيئة وأعمالها، يصدر بتعيينه وتحديد معاملته المالية قرار من الوزير المختص.
ومجلس الإدارة هو السلطة المهيمنة على شئون الهيئة، وله تصريف أمورها، وجميع السلطات والصلاحيات لإدارة الهيئة، واتخاذ ما يراه لازمًا لتحقيق أهدافها، وله على الأخص ما يأتي:
- اعتماد نظم العمل لمفتشي الأغذية والتي تتضمن تحديد اختصاصاتهم، ومسئولياتهم، والحد الأدنى لمستوى تأهيلهم العلمي، ومراحل التفتيش، ونماذج تقاريره، ودليل إجراءات أساليب سحب العينات ونقلها.
- اعتماد البرامج الخاصة بتأهيل وتدريب مفتشي الأغذية، والبرامج الخاصة بتأهيل وتدريب العاملين في مجالات تداول الأغذية حسب مستوياتهم المختلفة.
- الموافقة على الخطط اللازمة للنهوض بمستوى سلامة الغذاء وتنميته، والرقابة على سلامته وصلاحيته للاستهلاك الآدمي.
- اعتماد نظم الحوافز والتدابير التي تطبق على المنشآت والجهات الخاضعة لتطبيق أحكام هذا القانون بما في ذلك وضع العلامات الدالة على مستويات سلامة وجودة الغذاء.
- اعتماد الهيكل التنظيمي للهيئة، ومعايير ترتيب وتوصيف الوظائف، وجدول أجور العاملين، وذلك كله دون التقيد بنظم العاملين المدنيين بالدولة.
- اعتماد القواعد والنظم الإدارية والمالية اللازمة لتسيير أعمال الهيئة، دون التقيد بالقوانين واللوائح المعمول بها بالجهاز الإداري للدولة.
- إعداد مشروعات الميزانية السنوية للهيئة وحسابها الختامي.
- قبول المنح والإعانات والهبات المحلية والأجنبية بمراعاة الإجراءات المتطلبة قانونًا في هذا الشأن.
- رفع تقرير سنوي لمجلس الأمناء يتضمن تطور العمل بالهيئة، والمعوقات، والتوصيات اللازمة في شأنها.
- النظر في كل ما يرى مجلس الأمناء أو رئيس مجلس الإدارة عرضه من مسائل تدخل في نطاق اختصاص الهيئة.