حددت لائحة سير الإجراءات بجلسات اللجان الفرعية بالحوار الوطنى، الصادرة عن مجلس الأمناء، مراحل صياغة مخرجات اللجان، حيث نصت المادة 28 من اللائحة على أن يتولى مجلس الأمناء استعراض ودراسة تقارير أنشطة اللجان الفرعية بعد اعتمادها من المحور العام، واتخاذ ما يلزم في شأن تجميع وصياغة مخرجاتها.
ونصت المادة 29 على أن لمجلس الأمناء الحق عند انتهاء أعمال اللجان الفرعية عقد مؤتمر عام أو أكثر بحضور من اشترك في أعمال تلك اللجان وغيرهم لمناقشة بعض القضايا التي أقرتها المناقشات بجلسات اللجان الفرعية، كما نصت المادة 30 على أن يكون المؤتمر العام بحضور من اشترك في جلسات اللجان الفرعية وغيرهم، ويجوز أن يسبق المؤتمر العام جلسة حوارية أو أكثر يُحددها مجلس الأمناء ويختار موضوعها.
ونصت المادة 31 على أنه يجوز لمجلس الأمناء عند صياغة التقرير أن يستعين بمن يرى من مقرري اللجان النوعية (المحاور الثلاثة) أو الفرعية أو المقررين المساعدين لهم، وشددت المادة (32) على أن يرفع مجلس الأمناء تقريرًا أو أكثر لرئيس الجمهورية عن إجراءات ومُخرجات الحوار الوطني يُبين فيه القضايا محل النقاش وترتيب أولويات العمل الوطني والآراء التي كانت محل توافق وطني وتلك التي لم تحظ بها التوافق وتوصيات مجلس الأمناء في شأنها.