حددت المادة 5 من قانون إعادة تنظيم الهيئة العامة للنقل النهرى تشكيل مجلس إدارة الهيئة، حيث نصت على أن يكون للهيئة مجلس إدارة يشكل برئاسة رئيس مجلس الإدارة، وعضوية كل من:
- رئيس إدارة الفتوي المختصة بمجلس الدولة.
- ممثلين عن وزارات الدفاع، الداخلية، الموارد المائية والري، التنمية المحلية، البيئة، المالية، الصحة والسكان، السياحة والآثار، يختارهم الوزير المعني في كل وزارة.
- ممثل عن الهيئة العامة لمشروعات التعمير والتنمية الزراعية، يختاره الوزير المعني بشئون الزراعة واستصلاح الأراضي.
- ممثل عن المركز الوطني لتخطيط استخدامات أراضي الدولة، يرشحه مدير المركز.
- ممثل عن الجهاز المركزي للتنظيم والإدارة، يختاره رئيس الجهاز.
- أربعة من ذوي الخبرة، يصدر باختيارهم قرار من الوزير المختص.
ويصدر بتشكيل مجلس الإدارة، ونظام عمله، والمعاملة المالية لأعضائه، قرار من الوزير المختص لمدة عامين.
ويصدر بتعيين رئيس مجلس إدارة الهيئة قرار من رئيس مجلس الوزراء بناءً علي عرض الوزير المختص لمدة أربع سنوات قابلة للتجديد، ويحدد القرار معاملته المالية.