نظم قانون حماية وتنمية البحيرات والثروة السمكية، ضوابط تنمية موارد الثروة المائية وتنظيم المزارع السمكية، حيث نص على أن "يحظر إنشاء أى مزرعة سمكية أو مفرخ سمكى غير المؤجر من الجهاز إلا بترخيص منه وذلك بعد سداد رسم لا يجاوز ألفى جنيه سنويًا للفدان الواحد أو جزء منه .
وتحدد اللائحة التنفيذية شروط وإجراءات إصدار هذا الترخيص وفئات هذا الرسم على أن تسدد نقدًا أو إلكترونيًا طبقًا لأحكام قانون تنظيم استخدام وسائل الدفع غير النقدى المشار إليه .
يجوز بقرار من الجهاز الترخيص باتباع الاستزراع التكاملى بين الاستزراع السمكى والاستزراع النباتى .
وتحدد اللائحة التنفيذية الضوابط والإجراءات المنظمة لذلك .
تحدد المناطق المخصصة للاستزراع السمكى بقرار يصدر من رئيس مجلس الوزراء بناءً على عرض الجهاز .
يحظر إنشاء الأقفاص السمكية بالمياه البحرية إلا بترخيص من الجهاز وبعد موافقة هيئة عمليات القوات المسلحة والجهات ذات الصلة .
وتحدد اللائحة التنفيذية ضوابط وشروط وإجراءات إصدار هذا الترخيص .
يقوم الجهاز من خلال مأمورى الضبط القضائى بالتنسيق مع الجهات المختصة الأخرى بالتفتيش والمتابعة للتأكد من تطبيق الاشتراطات والمعايير البيئية والصحية والفنية فى المزارع والمفرخات والأقفاص السمكية .
يجوز بترخيص من الجهاز الانتفاع بالأراضى الواقعة فى ولايتها فى الأنشطة المرتبطة بها ، ووفقًا للضوابط والإجراءات التى تحددها اللائحة التنفيذية .