تطرق قانون تنظيم الجامعات الخاصة والأهلية، إلى موارد الجامعة، حيث نص التشريع على أن "تكون موارد الجامعة الأهلية فضلاً - عما يؤول إليها ممن طلب إنشاءها - من المساهمات المالية والأصول العينية التى يقدمها لها المواطنون والأشخاص الاعتبارية العامة والخاصة والجمعيات الأهلية والمؤسسات ذات النفع العام وهيئات المجتمع المدنى وأية منح أخرى يقبلها مجلس أمناء الجامعة، وذلك بالإضافة إلى المصروفات الدراسية ومقابل الخدمات والموارد البحثية.
وتعتبر أموال الجامعة الأهلية أموالاً عامة فى تطبيق أحكام قانون العقوبات.
ويجوز للدولة أن تقدم العون للجامعات الأهلية لتمكينها من أداء رسالتها سواء بتخصيص عقارات لها بمقابل يصدر بتحديده وبأحكام الوفاء به قرار من مجلس الوزراء، أم بتقديم مساعدات مالية أو عينية وفقًا للقواعد التى يقررها مجلس الوزراء، وذلك بناء على ما يعرضه الوزير المختص بالتعليم العالى.
ويستخدم ما قد تحققه الجامعة الأهلية من صافى الفائض الناتج عن نشاطها فى تطويرها ورفع كفاءتها التعليمية والبحثية وخدمة المجتمع وتنمية البيئة ورعاية الطلاب وتمويل المنح الدراسية للمتفوقين منهم.
على أن يخصص ما تقدمه الجامعة الأهلية فى مجال خدمة المجتمع وتنمية البيئة فى دعم العملية التعليمية أو البحثية للأشخاص الاعتبارية العامة خاصة تلك التى أنشأت أو ساهمت فى إنشاء الجامعة .
ويكون لكل جامعة أهلية مجلس أمناء لا يقل عدد أعضائه عن أحد عشر عضوًا ولا يزيد على واحد وعشرين عضوًا يختارون من كبار العلماء والأساتذة المتخصصين والخبراء والشخصيات العامة. يختارهم من قاموا بإنشاء الجامعة يضاف إليهم ممثل عن الحكومة يختاره الوزير المختص بالتعليم العالى. ويكون رئيس الجامعة عضوًا فى هذا المجلس.
ويجتمع مجلس الأمناء لأول مرة برئاسة أكبر الأعضاء سنًا لاختيار الرئيس ونائبه.