أعفى قانون الإسكان الاجتماعي ودعم التمويل العقاري، من جميع الضرائب والرسوم القروض والسندات والتسهيلات الائتمانية التي تمنح للصندوق لتمويل المشروعات الخاضعة لأحكام هذا القانون، كما تعفى من جميع المصروفات والرسوم القضائية، في جميع درجات التقاضي، الدعاوى التي يرفعها الصندوق في مجال تطبيق كافة القوانين والقرارات المتعلقة ببرنامج الإسكان الاجتماعي ودعم وضمان نشاط التمويل العقاري.
ويكون للصندوق موازنة مستقلة تعد على نمط موازنات الهيئات الخدمية تلحق بالموازنة العامة للدولة، وتبدأ السنة المالية له مع بداية السنة المالية للدولة وتنتهي بنهايتها، وتبدأ السنة المالية الأولى للصندوق من تاريخ العمل بهذا القانون وتنتهي بنهاية السنة المالية ذاتها، ويكون للصندوق حساب لدى البنك المركزي المصري تودع فيه موارده ويخصص للصرف منه في أغراضه، ويرحل رصيد هذه الحسابات وفائض موازنة الصندوق السنوية لصالح الصندوق من سنة إلى أخرى عدا ما تخصصه الدولة للصندوق والمنصوص عليه بالمادة (15 بند هـ).
ومع مراعاة أحكام القانون رقم 5 لسنة 2015 في شأن تفضيل المنتجات المصرية في العقود الحكومية، للصندوق وفي حدود موازنته أن يستورد بذاته أو عن طريق الغير ما يحتاج إليه من مستلزمات الإنتاج والمواد والآلات والمعدات وقطع الغيار ووسائل النقل وغيرها اللازمة لنشاطه.
كما يضع الصندوق نظاما للتكاليف، ويتولى الجهاز المركزي للمحاسبات مراقبة حسابات الصندوق وفقا للاختصاصات المخولة له، وعلى المختصين بالصندوق تقديم جميع المستندات والسجلات اللازمة لذلك، ويجوز لمجلس إدارة الصندوق أن يعهد إلى واحد أو أكثر من المحاسبين أو المراجعين القانونيين بأداء ما يرى لزومه من أعمال المحاسبة والفحص ووضع الأنظمة الحسابية ونظام المراقبة الداخلية والدورة المستندية للصندوق ويحدد مجلس الإدارة الأتعاب المستحقة له.