نص قانون صندوق رعاية المبتكرين والنوابغ، على أن "يفرض لصالح الصندوق رسم ترخيص يحصل لمرة واحدة عند إصدار قرار تشغيل الجامعات الخاصة والأهلية مقداره (5%) من الموازنة المعتمدة للجامعة، كما يفرض رسم إضافي مقداره (5%) من الموازنة السنوية للجامعة الخاصة والأهلية عند إصدار قرار الموافقة على تعديل البيانات الخاصة بملاكها.
كما يفرض رسم سنوي مقداره (2%) من المصروفات الدراسية لطلاب الجامعات الخاصة والأهلية مقابل الخدمات التي يقدمها الصندوق للنوابغ والمبتكرين من طلاب تلك الجامعات ويصدر قرار من الوزير المختص بالتعليم العالي بإجراءات ومواعيد تحصيل وتوريد هذا الرسم.
ويفرض رسم سنوي مقداره عشرة جنيهات على الطلاب المقيدين بالجامعات التي يسرى عليها قانون تنظيم الجامعات الصادر بالقانون رقم 49 لسنة 1972 والمعاهد الخاضعة لإشراف الوزارة المختصة بالتعليم العالي اعتبارًا من العام الجامعي 2020/2021 ، ويحصل الرسم مع الرسوم والمصروفات الدراسية المقررة عليهم مقابل إتاحة تقدمهم بأفكارهم البحثية من خلال المنصات الإلكترونية للصندوق، وكذا إتاحة الدوريات والمجلات العلمية ، وتلتزم الجامعات والمعاهد بتحصيل ذلك الرسم وتوريده للصندوق وفقًا للقواعد المحاسبية المتبعة ، ويحصل نقدًا أو بأي وسيلة أخرى من وسائل الدفع الإلكتروني