عاقب قانون الموارد المائية والرى الجديد، كل من يخالف أى حكم من أحكام الفقرة الثانية من المادة (34)، والمادة (59) بالحبس مدة لا تزيد على ستة أشهر وبغرامة لا تقل عن عشرة آلاف جنيه ولا تزيد على مائة ألف جنيه أو بإحدى هاتين العقوبتين .
وتضاعف العقوبة في حالة العود .
وتنص المادة 34 على أن
مع عدم الإخلال بأحكام القانون رقم 48 لسنة 1982 في شأن حماية نهر النيل والمجارى المائية من التلوث ، تسرى أحكام هذا الفصل على الفتحات التى تنشأ في جسور النيل أو في جسور المجارى المائية لتصريف مياه الصرف الزراعى في النيل أو في أحد المجارى المائية.
ولا يجوز بغير ترخيص من الوزارة إنشاء فتحات في جسور النيل أو جسور المجارى المائية لتصريف مياه الصرف الزراعى في النيل أو في أحد المجارى المائية وفقًا للشروط والضوابط التى تحددها اللائحة التنفيذية .
وتنص المادة 59 على أن
يحظر التعرض لمنشآت ومعدات وخطوط وشبكات المصارف المغطاة وغرف التفتيش وأعمدة الغسيل والمصبات وكذا شبكات الرى المطور وخطوط وشبكات مواسير الرى المغطاة سواء كان ذلك بإتلاف أجزائها أو اختلاسها أو ردمها أو إلقاء مخلفات بها أو صرف مياه الرى أو الصرف الصحى فيها أو توصيل أى شبكات للصرف الصحى أو الصناعى بها (لشبكات المصارف المغطاة) أو إقامة أى منشآت أو أى مزارع سمكية عليها، ومع عدم الإخلال بالأحكام المنصوص عليها في باب العقوبات يجب على المهندس المختص إثبات أية مخالفات لحكم هذه المادة وله تكليف المخالف بإعادة الشىء إلى أصله في مدة زمنية أقصاها أربعة أيام وإلا قامت الإدارة العامة المختصة بالتنفيذ على نفقته .