نص قانون الموارد المائية والرى، على أن "تُشكل لجنة عليا للنظر في الطلبات المقدمة للحصول على التراخيص أو تقنين بحفر الآبار من ممثلى الجهات المعنية ذات الصلة من شاغلى الدرجة العالية على الأقل، ويصدر قرار من رئيس مجلس الوزراء بتشكيل اللجنة ونظام عملها وتحديد اختصاصاتها وترفع توصياتها للوزير لاعتمادها، ويعتبر اعتماد الوزير لأعمال اللجنة ملزمًا للجهات الأخرى.
وتتولى الوزارة إجراء الدراسات الفنية اللازمة للكشف عن مصادر المياه الجوفية على مستوى الجمهورية وحصر هذه المصادر ووضع سياسيات لتنمية واستغلال المياه الجوفية ووضع ضوابط استخدامها والحماية لها ومراقبة كمياتها ونوعيتها.
ويصدر الترخيص بحفر البئر الجوفية وتحديد مواصفاتها وإحلال غيرها بدلاً منها بقرار من الإدارة العامة المختصة بناءً على توصية من اللجنة العليا للتراخيص، على أن تكون مدة الترخيص خمس سنوات قابلة للتجديد ، ويصدر الترخيص مقابل رسم لا يجاوز ألف جنيه عن كل سنة لطلبات التراخيص الجديدة أو عند تجديد التراخيص السارية.
وتنظم اللائحة التنفيذية إجراءات وشروط الترخيص وفئات هذا الرسم ، وتعفي من هذه الرسوم الآبار التى يتم ترخيصها بالأراضى القديمة بالوادى والدلتا والتى تستخدم للري التكميلى.
ويُحظر حفر أى آبار للمياه الجوفية داخل أراضى الجمهورية إلا بترخيص من الوزارة وطبقًا للشروط التى تحددها.
ويُحظر على القائمين بحفر الآبار الجوفية من المقاولين والشركات والأفراد التعاقد على حفر أية آبار ما لم تكن حاصلة على ترخيص بذلك من الوزارة وبما لا يتعارض مع القانون رقم 143 لسنة 1981 بشأن الأراضى الصحراوية.
ويُحظر التخلص من المنتجات البترولية أو المخلفات الناتجة من حفر آبار البترول في أى طبقة جيولوجية إلا في الطبقة التى أنتجت منها وتحدد اللائحة التنفيذية الشروط والمواصفات والإجراءات اللازمة.