يهدف قانون حماية وتنمية البحيرات والثروة السمكية، لحماية وتنمية واستغلال البحيرات وبواغيزها وسياحاتها وشواطئها وحرمها، وحماية وتنمية الثروة السمكية والأحياء المائية بقصد تنمية الاقتصاد القومى.
وتضمن القانون أهداف للجهاز لضمان الحفاظ على البحيرات وحسن استغلالها بالشكل الأمثل، منها وضع السياسة العامة لحماية وتنمية البحيرات وبواغيزها وشواطئها وحرمها من التعدى والتلوث، ووضعها موضع التنفيذ ، وتطويرها، واستغلال إمكانيات البحيرات وبواغيزها وشواطئها وحرمها ومواردها وتنميتها وإجراء البحوث والدراسات اللازمة لذلك وله أن يستعين فى ذلك بالجهات الأخرى المتخصصة سواء كانت وطنية أم أجنبية ، وإعداد المشروعات الاقتصادية والاجتماعية اللازمة لحماية وتنمية تلك البحيرات وشواطئها وحرمها فى ضوء نتائج تلك البحوث والدراسات وتنفيذ هذه المشروعات أو إسناد تنفيذها للغير ومتابعتها .
وللجهاز حق منح الموافقات على إقامة المشروعات ذات النفع العام التى تقوم بها جهات أخرى فى حدود اختصاصها إذا ترتب عليها اقتطاع أجزاء من البحيرات وشواطئها وحرمها بعد أخذ موافقة جهاز شئون البيئة، والعمل على حماية وتنمية الثروة السمكية ومصادرها ، والإشراف على تنفيذ قوانين الصيد والقرارات المنفذة لها، وضع الخطط المتعلقة بمشروعات الثروة السمكية والتصنيع السمكى ووضع التصميمات الخاصة بها ، وتنفيذ ما تطلبه المحافظات أو الجهات ذات الصلة من هذه المشروعات إما بالذات أو عن طريق جهات أخرى.