نص قانون تنظيم الجامعات الخاصة والأهلية، على أن "تتكون موارد الجامعة الأهلية فضلاً - عما يؤول إليها ممن طلب إنشاءها - من المساهمات المالية والأصول العينية التى يقدمها لها المواطنون والأشخاص الاعتبارية العامة والخاصة والجمعيات الأهلية والمؤسسات ذات النفع العام وهيئات المجتمع المدنى وأية منح أخرى يقبلها مجلس أمناء الجامعة، وذلك بالإضافة إلى المصروفات الدراسية ومقابل الخدمات والموارد البحثية".
وتعتبر أموال الجامعة الأهلية أموالاً عامة في تطبيق أحكام قانون العقوبات.
ويجوز للدولة أن تقدم العون للجامعات الأهلية لتمكينها من أداء رسالتها سواء بتخصيص عقارات لها بمقابل يصدر بتحديده وبأحكام الوفاء به قرار من مجلس الوزراء، أم بتقديم مساعدات مالية أو عينية وفقًا للقواعد التى يقررها مجلس الوزراء، وذلك بناء على ما يعرضه الوزير المختص بالتعليم العالى.
ويستخدم ما قد تحققه الجامعة الأهلية من صافي الفائض الناتج عن نشاطها في تطويرها ورفع كفاءتها التعليمية والبحثية وخدمة المجتمع وتنمية البيئة ورعاية الطلاب وتمويل المنح الدراسية للمتفوقين منهم، على أن يخصص ما تقدمه الجامعة الأهلية في مجال خدمة المجتمع وتنمية البيئة في دعم العملية التعليمية أو البحثية للأشخاص الاعتبارية العامة خاصة تلك التى أنشأت أو ساهمت في إنشاء الجامعة.
الجدير بالذكر أن الجامعات الأهلية لا تهدف إلى الربح، ويجوز إنشاؤها بناء على طلب شخص طبيعى أو شخص اعتبارى أو منهما معًا أو مؤسسة ذات نفع عام طبقًا لقانون الجمعيات والمؤسسات الأهلية. كما يجوز للأشخاص الاعتبارية العامة إنشاء أو المساهمة في إنشاء الجامعات الأهلية طبقًا للضوابط التى يصدر بها قرار من مجلس الوزراء.