ذكر قانون المشروعات المتوسطة والصغيرة أن هناك عددا من الأسباب التى بموجبها يمكن رفض ترخيص الشركات الجديدة، منها ما يلى:
1 - عدم استيفاء الشروط المبينة في القانون أو القرارات الصادرة تنفيذًا له.
2 - عدم توفر المعايير التي يحددها مجلس إدارة الهيئة بشأن الخبرة والكفاءة المهنية في مديري الشركة.
3 - صدور حكم بشهر إفلاس أي من مؤسسي الشركة طالبة الترخيص خلال السنوات الخمس السابقة على تقديم الطلب ما لم يكن قد رد إليه اعتباره.
4 - صدور حكم نهائي على أحد مؤسسي الشركة طالبة الترخيص أو مديريها أو أحد أعضاء مجلس إدارتها خلال السنوات الخمس السابقة على تقديم طلب الترخيص بعقوبة جناية أو جنحة في جريمة مخلفة بالشرف أو الأمانة ما لم يكن قد رد إليه اعتباره.