تمر الدعاوى الجنائية والجنح بالعديد من المراحل قبل الفصل فيها، فعقب إحالة الدعاوى للجنايات تستمع المحاكم لطلبات الدفاع ثم تأتى مرحلة فض الأحراز وبعدها سماع الشهود إلى أن تصل لمرافعة الدفاع والتى تعد المرحلة الأخيرة قبل النطق بالحكم، وخلال نظر قضايا الإرهاب توجد مجموعة من الدفوع الشائعة التى يستخدمها معظم أعضاء فريق الدفاع أثناء مرافعتهم للدفع عن موكليهم وهى:
1 ـ بطلان التحريات لعدم جديتها واعتمادها على مصادر مجهلة.
2 ـ بطلان التحقيقات مع المتهمين لإجرائها بعد مرور 24 ساعة من واقعة الضبط بالمخالفة للقانون.
3 ـ بطلان التحقيقات مع المتهمين لعدم حضور محام مع المتهم بالمخالفة لنص المادة 124 من قانون الإجراءات.
4 ـ كيدية الاتهام وشيوعه.
5 ـ انتفاء صلة المتهم بالأحراز.
6 ـ بطلان القبض والتفتيش لانتفاء حالة من حالات التلبس.
7 ـ بطلان أقوال المتهم فى التحقيقات كونها وليدة إكراه مادى ومعنوى.
8 ـ التناقض فى أقوال الشهود.