العديد من الجرائم أرتكبها المتهمون بقضية "أنصار بيت المقدس"، ووصل عددها إلى 54 جريمة ما بين تفجيرات لأماكن حيوية، واغتيالات لضباط ومجندين من خيرة شباب الوطن قدموا أرواحهم فداءا للواجب، وخلال سماع أقوال الشهود بالقضية أمام محكمة جنايات القاهرة برئاسة المستشار حسن فريد أدلوا بأقوالهم فى وقائع شاهدوها أظهرت بشاعة مرتكبيها.
ومن الجرائم التى أرتكبها المتهمين واقعة إطلاق النار على كنيسة الوراق، والتى سقط فيها أكثر من 50 شخصا ما بين مصاب ومتوفى.
ومن أبرز الشهود الذين استمعت إليهم المحكمة فى تلك الواقعة فى الجلسة التى عقدت بتاريخ 6 ديسمبر 2016، على شاهدة الإثبات نبيلة فهمى، قالت إنها كانت متواجدة فى الكنيسة لإتمام حفل زفاف ابنتها، وأثناء ذلك قام أشخاص يستقلون دراجة نارية بإطلاق النار على حفل زفاف ابنتها.
وأضافت أنها أصيبت بطلق نارى فى قدمها، 33 شخصا من أقاربها أصيبوا فى الحادث، بالإضافة لـ5 من أقاربها لقوا مصرعهم.
وأسندت النيابة العامة للمتهمين ارتكاب جرائم تأسيس وتولى القيادة والانضمام إلى جماعة إرهابية، تهدف إلى تعطيل أحكام الدستور والقوانين ومنع مؤسسات الدولة من ممارسة أعمالها، والاعتداء على حقوق وحريات المواطنين والإضرار بالوحدة الوطنية والسلام الاجتماعى، والتخابر مع منظمة أجنبية المتمثلة فى حركة حماس "الجناح العسكرى لتنظيم جماعة الإخوان"، وتخريب منشآت الدولة، والقتل العمد مع سبق الإصرار والترصد والشروع فيه، وإحراز الأسلحة الآلية والذخائر والمتفجرات.