تمارس اللجان الداخلية بالهيئة الوطنية للانتخابات طوال الوقت دورها، دون أن تكون مرتبطة بوجود انتخابات بعينها أو مناسبة تتعلق بإجراء أى نوع من أنواع الانتخابات، وذلك لطبيعة عمل الهيئة كونها هيئة مستقلة تدير الانتخابات والاستفتاءات، وأصبح وجودها دائما ومستقرا، ولها لجان داخلية تجتمع بشكل دورى وتمارس عملها يوميا.
ومن أهم هذه اللجان هى، لجنة بيانات الناخبين، والتى تعمل على تنقية وتحديث قاعدة البيانات بشكل مستمر، وأيضا لجنة مقرات اللجان، والتى تفحص وتتابع بشكل مستمر مشاكل الموطن الانتخابى ومقرات اللجان للناخبين، وكذا لجان للمشرفين على الانتخابات، وغيرها من اللجان التى تمارس مهامًا تمثل جوهر العملية الانتخابية.
وتنعقد لجنة بيانات الناخبين بشكل دورى، حيث هى المصدر الرئيسى لقاعدة بيانات الناخبين، ويتم فيها التحديث بالحذف أو بالإضافة، فطبقا للقانون كل من يبلغ 18 عاما يقيد دون طلب، وهذا يسمى فى نظام الانتخابات بالقيد الإجبارى، ويعد هو النظام الأميز لتيسير قواعد ممارسة الديمقراطية.
ويتعاون مع هذه اللجنة عدة جهات رسمية من بينها، الأحوال المدنية، والنيابة العامة، ومحكمة القيم، والسجون، لمن صدر ضدهم أحكام أو لمن رد اعتباره.
أما لجنة مقرات اللجان، فقد اتاحت الهيئة من خلال موقعها الإلكترونى إمكانية تغيير الموطن الانتخابى، وتتولى هذه اللجنة الأمر، حيث تستقبل الشكاوى وطلبات تغيير الموطن الانتخابى تسهيلا على الناخب ومشاركته فى الاستحقاقات الدستورية.
وهناك اللجنة المختصة بالمشرفين على العملية الانتخابية، فهى تتابع من يقومون بالإشراف على اللجان، وتقوم بعمليات التحديث، فعلى سبيل المثال، قامت الهيئة منذ فترة باستبعاد المعلمين الذين تم فصلهم مؤخرا من وزارة التربية والتعليم بسبب انتمائهم للجماعات الإرهابية، وتتولى الهيئة استبعادهم تماما من العملية الانتخابية، وغيرها من عمليات التحديث بالنسبة لمن يشرفون على الانتخابات.