وضعت المحكمة الإدارية العليا عدة مبادئ في الحكم الذي قضت فيه، بإجماع الاَراء برفض الطعن الذى كان قد أقامه وزير التعليم الإخوانى فى مايو 2013 فى عهد الجماعة الإرهابية، وتأييد الحكم التاريخى الصادر من محكمة القضاء الإدارى بالإسكندرية، برئاسة المستشار الدكتور محمد عبد الوهاب خفاجى نائب رئيس مجلس الدولة فى 26 مارس 2013 فى أوج حكم الجماعة الإرهابية بحظر الأخونة بالجامعات، وبإلغاء قرار وزير التعليم العالى الإخوانى بفرض التقارير الذاتية لصرف بدل الجامعة الذى رفعه مرسى لأعضاء هيئة التدريس بالجامعات المصرية واشترطت الجماعة لصرفه إثبات هويتهم لصالح الجماعة المحظورة .
ويمكن استخلاص المبادئ التالية من الحكم:
1-بدل الجامعة حق لأعضاء هيئة التدريس دون قيد و ليس منحة من الوزير
2-الإخوان استحدثوا أداة غير قانونية تحمل مهانة لكبرياء أستاذ الجامعة المنارة المضيئة وإهانة لمكانة الأستاذية عند الشعب
3-اغتصبوا سلطة المشرع وقيدوا حرية العلم والفكر والإبداع ولا يجوز اجبار الأساتذة للانضمام لفصيل سياسى معين
4-أساتذة الجامعات لا تخضع لتقارير الوزارة وإنما للتقارير العلمية وضمير الأستاذية
5-مفهوم مبدأ استقلال الجامعات منهجيا من النواحي الفكرية والإبداعية والاجتماعية وليس استقلالاً مالياً وإدارياً وعلمياً فحسب
6-الأستاذ هو وحدة الجامعة لا سلطان عليه إلا لضميره العلمي ولا يجوز التسلط على أدق بيانات العلماء الشخصية