طالبت هيئة الدفاع عن المعزول مرسى وآخرين في مرافعتهم بقضية التخابر الكبرى أمام محكمة النقض بعدم اختصاص محكمة الجنايات التي أصدرت الحكم ولائيا لنظر القضية على سند قول أن المعزولة محمد مرسى لم يتنحى عن الحكم، أو يتنازل ومازال يتمتع بصفته كرئيس جمهورية وذلك على حسب وصف الدفاع .
واستكملت هيئة الدفاع مرافعتها قائلة إن الثورات التي مرت بتاريخ مصر لم تزيل صفة رئيس الجمهورية عمن حكموها والدليل على ذلك الرئيس الأسبق محمد حسني مبارك ظل يتمتع بصفته رئيس لحين إعلانه التنحي عن منصبه وكذلك ملك مصر الأسبق فاروق لم تزل صفته عنه إلا عندما قرر التخلي عن عرش البلاد إلا أن مرسى لم يتنحى أو يتنازل عن سلطاته كرئيس لا ن زوال السفه لا يتحقق إلا بإقرار أو كتابة. على حد وصفهم
وطالب هيئة الدفاع بمراجعة البنود التي تم تقديمها للمحكمة وطالبوا بضم ملف قضية اقتحام السجون إلى ملف التخابر الكبرى لوحدة الموضوع بينهم وفق لمرافعة الدفاع
وقال الدفاع أن محكمة الجنايات رفضت طلب هيئة الدفاع بضم القضيتين رغم تشابه الاتهامات والوقائع محل الاتهام وعاقبت الجنايات 10 متهمين ورد اسمهم فى القضيتين بعقوبة مزدوجة عن نفس الاتهامات
وطالب الدفاع ببطلان الحكم المطعون عليه بسبب الخطأ في تطبيق القانون والفساد في الاستدلال والإخلال بحق الدفاع وبطلان إجراءات الضبط الجنائي وبطلان تحقيقات النيابة العامة وقاضى التحقيق وطالب بنقض الحكم .
وكانت محكمة جنايات القاهرة عاقبت المعزول محمد مرسى، فى قضية التخابر مع منظمات وجهات أجنبية خارج البلاد، وإفشاء أسرار الأمن القومى، والتنسيق مع تنظيمات جهادية داخل مصر وخارجها، بغية الإعداد لعمليات إرهابية داخل الأراضى المصرية، ومحمد بديع المرشد العام للإخوان، 14 آخرين من قيادات وعناصر الجماعة بالسجن المؤبد كما عاقبت المحكمة 16 آخرين (بينهم 13 هاربا) بالإعدام شنقا، وفى مقدمتهم خيرت الشاطر نائب مرشد الجماعة، ومعاقبة اثنين بالسجن لمدة 7 سنوات .