يقصد بالمحاكم المتخصصة تلك المحاكم التى تنشأ لكى تختص بنظر نوع واحد من أنوع المنازعات، مما يؤدى إلى اكتسابها مهارة خاصة بهذا النوع من القضايا، بحيث ينتهى الأمر بها إلى سرعة البت فى القضايا ولهذا الهدف تم إنشاء محاكم متخصصة، أو دوائر متخصصة فى عدد من المحاكم.
وتشمل هذه المحاكم، المحاكم الاقتصادية، ومحاكم الأسرة، والمحاكم العمالية، ومكاتب تسوية المنازعات الأسرية، ومكاتب المساعدة القانونية الأسرية والعمالية.
فى عام 2004 انشئت محاكم خاصة بالأسرة، حيث حدد القانون اختصاصها بالنظر فى جميع قضايا الأحوال الشخصية والتى تشمل، الطلاق والنفقة والأجور سواء بالنسبة للزوجة أو الأولاد أو الأقارب وكذلك حضانة الأطفال. وكان الهدف الأساسى من تلك المحكمة هو حصر كل قضايا الأسرة فى محكمة واحدة وذلك لضمان تحقيق العدالة السريعة.
وفى عام 2008 أنشئت المحاكم الاقتصادية، والتى تختص بالفصل فى قضايا الاستثمار والجرائم الاقتصادية والتى جاءت استجابة لمطالب رجال الأعمال للعمل على سرعة الفصل فى القضايا التى سيكون لها دورا كبيرا فى جذب المزيد من الاستثمارات.
وأنشئت بوزارة العدل الإدارة العامة للمحاكم المتخصصة بموجب قرار المستشار وزير العدل رقم 6383 لسنة 2011 وتختص بكل ما من شأنه حسن أداء المحاكم الاقتصادية وتهيئة المناخ الجاذب للاستثمار الأجنبى والمحفز للاستثمار الوطنى، كما تختص بمحاكم الأسرة ومكاتب تسوية المنازعات الأسرية والمساعدات القانونية واٌلحقت بها إدارة المحاكم العمالية بموجب قرار وزير العدل رقم 2706 لسنة 2013
وتباشر الإدارة عدد من الملفات الرئيسية - على سبيل المثال - منازعات الاستثمار وميكنة المحاكم الاقتصادية وميكنة محاكم الأسرة والتعاون مع منظمة العمل الدولية فى عقد الدورات التدريبية وإنشاء مكاتب المساعدات القانونية الأسرية والعمالية، وتقوم بالإشراف على هذه الأنواع من المحاكم المتخصصة.