اعتمد وزير الأوقاف د. محمد مختار جمعة إنشاء ثلاثة مراكز بحثية متخصصة داخل المجلس الاعلى للشئون الاسلامية وهى مركز الدراسات والبحوث الدينية برئاسة رئيس المجلس الأعلى للشئون الإسلامية ، ويتولى الإشراف العلمي عليه الدكتور أحمد ربيع أستاذ الدعوة والثقافة الإسلامية وعميد كلية الدعوة الأسبق بجامعة الأزهر الشريف، مع تكليف الشيخ عبد الفتاح عبد القادر جمعة بالإشراف الإداري على المركز.
ويختص بإعداد الدراسات والبحوث الدينية ، لتحـــقيق استكمال بناء نظرية عصرية متكاملة فى الفكر الدينى الوسطى الرشيد والمستنير تحافظ على الثوابت وتراعى المتغيرات والمستجدات وطبيعة العصر وظروفه وتحدياته، وتصحيح المفاهيم الخاطئة وتفنيد الفكر المتطرف، وتصويب عمليات الانتقاء التى تهدف إلى خدمة الأيدلوجيات المنحرفة، وترسيخ مفاهيم المنهج العقلى والنقدى فى البحث والتفكير، وإعداد جيل من شباب الباحثين المتميزين فى مجال الفكر الدينى.
ويشمل القرار انشاء مركز دراسات السيرة والسنة برئاسة رئيس المجلس الأعلى للشئون الإسلامية ، ويتولى الإشراف العلمي عليه الدكتور أحمد عمر هاشم أستاذ الحديث وعلومه وعضو هيئة كبار العلماء ، ورئيس جامعة الأزهر الأسبق ، مع تكليف الدكتور أسامة فخري الجندي بالإشراف الإداري على المركزويختص بإجراء ومراجعة الدراسات والبحوث المتخصصة في مجال السيرة والسنة في ضوء مراعاة واقع العصر ومستجداته ومتطلباته.
ويضمن القرار مركز إحياء اللغة العربية برئاسة رئيس المجلس الأعلى للشئون الإسلامية ، ويتولى الإشراف العلمي عليه الدكتور عوض إسماعيل عبد الله ، أستاذ اللغويات وعميد كلية الدراسات الإسلامية والعربية بجامعة الأزهر، مع تكليف الدكتور أشرف فهمي موسى بالإشراف الإداري على المركز، وهو أحدث المراكز المتخصصة التي اعتمدها وزير الأوقاف رئيس المجلس الأعلى للشئون الإسلامية.
ويختص بدراسة الوسائل واقتراح ما يلزم من الإجراءات التي تؤدي إلى إحياء اللغة العربية وتيسيرها للدارسين ,والإشراف على دورات وبرامج تدريب الأئمة في مجال اللغة العربية.
ويقوم المركز بمسايرة لضرورة التطوير والنشر الإلكتروني والتوسع في تجربة الكتاب المرئي ، والكتاب المسموع ، والنشر الإلكتروني للكتاب المقروء ، تم إنشاء وحدة خاصة للنشر الإلكتروني بالمجلس الأعلى للشئون الإسلامية برئاسة رئيس المجلس الأعلى للشئون الإسلامية ، وتكليف الشيخ محمد إبراهيم عبد الله عسكر أحد أئمة الأوقاف بالإشراف الإداري على هذه الوحدة.
قالت وزارة الاوقاف، ياتى القرار في إطار رسالته العلمية والبحثية يعود المجلس الأعلى للشئون الإسلامية بقوة إلى ريادته في مجال التأليف والترجمة والنشر كأحد أهم القلاع العلمية والبحثية في مصر والعالمين العربي والإسلامي ومختلف دول العالم في مجال الفكر المستنير ؛ حيث بلغ ما أنتجه المجلس الأعلى للشئون الإسلامية في السنوات الست الماضية مائة وأربعين إصدارًا جديدًا ، ما بين مؤلَّف ومُتَرْجَم ، إضافة إلى عشرات المؤلفات والموسوعات العلمية التي تعاد طباعتها ، وقد بلغ إجمالي مبيعاته في الشهور السبعة الأولى من العام المالي الحالي ما يزيد على مليون جنيه ، إضافة إلى المكتبات التي يتم إهداؤها للمراكز الإسلامية بالخارج ، ومكتبات المساجد الكبرى وغيرها بالداخل .