فى فترة مبكرة من حكم المعزول مرسى بدأت العداوة بين الدكتور احمد الطيب شيخ الأزهر والإخوان وتمثلت تلك المواقف حيث جاءت تصريحاته ضد الإخوان لترفع الهيستريا ضده من قبل أنصار الجماعة ومن تلك التصريحات:
*خوضت حربا ضروسا لحماية الأزهر الشريف وجميع مؤسساته من الإخوان
*تركت الاحتفال بتنصيب مرسى فى جامعة القاهرة وحملت استقالتى فى جيبى بعدها
*حذرت الإخوان من المساس بقانون الازهر وهددتهم بالاستقالة
*حاول الإخوان اختيار المفتى ونواب رئيس الجامعة ورفضت
*لو لم يساند الأزهر ثورة 30 يونيو لكان فى قائمة الخزى والعار
*الأزهر لم يخترق على الإطلاق من تنظيم الإخوان
*الرئيس السيسى يقدر الأزهر ويحرص على دعم دوره ورسالته
*أقدر الرئيس السيسي وأدعم جهوده وأسانده
الأزهر يرفض "صكوك" الإخوان ويعتبرها مدمرة لأصول الدولة
شيخ الأزهر يؤيد عزل مرسي وإجراء انتخابات رئاسية مبكرة