تظل شهادة الشيخ أحمد محمد شاكر حول فكر الإخوان أحد أبرز الشهادات التي تكشف انحراف الجماعة منذ نشأتها، حيث حاول الإخوان استقطاب العلامة أحمد محمد شاكر، واجتذبوه لإلقاء دروس ومحاضرات لأعضاء الجماعة، لكنه انفصل عنهم سريعًا بعدما لاحظ الغلوّ والتشدد والانغلاق فى أفكارهم، ورغبتهم فى تطويع الدين لرؤية التنظيم، بدلًا من توظيف التنظيم فى خدمة الدين كما يزعمون.
المؤكد أن شاكر أحد الوجوه البارزة فى العلوم الإسلامية، وغير محسوب على تيار أو توجه سوى الخطاب الدينى والفكرى الصافى، لذا لا يستطيع أحد داخل الإخوان أو خارجها، التشكيك فى مكانة العلامة الراحل وقيمته العلمية والفكرية، أو المساس بما سجله من مآخذ وملاحظات على الجماعة الإرهابية وانحرافاتها.
وكان أحمد محمد شاكر أحد أبرز علماء الأزهر الشريف، وأهم متخصصى عصره فى علم الحديث، وقد تدرج فى المناصب داخل المؤسسة حتى صار وكيلا للأزهر الشريف. وكان من أوضح ما قاله فى نقد الإخوان، إن الجماعة تمثل خوارج العصر، وأنه لعل الله يهدى بعض هؤلاء الخوارج المجرمين، فيرجعون إلى دينهم قبل أن لا يكون سبيل إلى الرجوع، وإنما الإثم والخزى على هؤلاء الخوارج القتلة مُستحلّى الدماء، وعلى من يدافع عنهم ويريد أن تتردى بلادنا عن الهوة.
وفى مقال له بعنوان "الإيمان قيد الفتك عند الإخوان"، فضح أحمد محمد شاكر منهج الإخوان، قائلًا: رُوّع العالم الإسلامى والعربى، بل وكثير من الأقطار غيرها، باغتيال الرجل، الرجل بمعنى الكلمة، النقراشى الشهيد غفر الله له.
ويستكمل حديثه عن جريمة اغتيال رئيس الوزراء الأسبق، التى نفذتها جماعة الإخوان الإرهابية: القاتل السياسى يقتل مطمئن النفس، راضى القلب، يعتقد أنه يفعل خيرًا، فإنه يعتقد بما بُثّ فيه مغالطات أنه يفعل عملًا حلالًا جائزًا، وأنه يقوم بواجب إسلامى قصّر فيه غيره، فهذا مُرتد خارج عن الإسلام، ويجب أن يُعامل معاملة المرتدين، وأن تُطبق عليه أحكامهم فى الشرائع، وفى القانون هم الخوارج، كالخوارج القدماء الذين كانوا يقتلون أصحاب رسول الله، ويدعون من اعترف على نفسه بالكفر، وكان ظاهرهم كظاهر هؤلاء الخوارج، بل خيرًا منه، وقد وصفهم رسول الله بالوحى قبل أن يراهم: يُحقّر أحدكم، صلاته مع صلاتهم، وصيامه مع صيامهم، ويقرؤون القرآن لا يجاوز تراقيهم، ويمرقون من الإسلام كما يمرق السهم من الرمية، معتبرًا أن الإخوان يصدق فيهم ما صدق فى المنافقين والخوارج قديمًا، وهو أحد أشد الآراء قسوة فى الجماعة، إذ يُلحقهم إلى جوار من قتلوا على بن أبى طالب والحسين وطابورًا طويلًا من الصحابة وآل بيت النبى.