حصلت مدينة زويل للعلوم والتكنولوجيا على جائزتين من جوائز الدولة التشجيعية لعام 2015/2016 والتى تمنحها أكاديمية البحث العلمى سنويا لعلماء مصر، تقديرا للإنتاج العلمى المتميز فى مختلف مجالات العلوم الأساسية والتكنولوجية والتطبيقية.
وحصلت الدكتورة ريم عرفة، أستاذ فى برنامج علوم الطب الحيوى بمدينة زويل، على جائزة الدولة التشجيعية فى العلوم التكنولوجية المتقدمة التى تخدم مجالات العلوم الطبية، وذلك مناصفة مع الدكتور أحمد إيهاب أستاذ مساعد بالجامعة الأمريكية بالقاهرة، كما حصل الدكتور محمد كمال باحث ما بعد الدكتوراة بمركز علوم الجينوم بمدينة زويل على الجائزة الثانية فى العلوم الحيوية.
جدير بالذكر، أن مدينة زويل وهى مشروع مصر القومى للنهضة العلمية تصدرت تصنيف جوجل كأفضل الجامعات المصرية، وواحدة من أفضل 1000 جامعة على مستوى العالم، كما أنها تصدرت النشر الدولى محليا فى دوريات علمية رفيعة المستوى، وفى موضوعات تتعلق بقضايا المجتمع المصرى على الرغم من أن عمرها لم يتجاوز الثلاث سنوات.