أكدتالكنيسة الأسقفية، استقلاليتها وعدم تبعيتها لأى طائفة أخرى، لافتة إلى أن المحكمة الإدارية العلياـ أصدرت حكما نهائيا وباتا رقم 962 /27 ق ع عام 1986 وهذا الحكم له حجيته لأنه يسبق باقى الأحكام، وينص الحكم على أنه لا يجوز للكنيسة الأسقفية أن تكون جزءا من الطائفة الإنجيلية لتعارض ذلك مع الأمر العالى الصادر عام 1902 بإنشاء الطائفة الإنجيلية.
وأوضحت الكنيسة فى بيان لها اليوم، أنه سبق أن أصدرت هيئة قضايا الدولة عام 1991 تقريرا عن الكنيسة الأسقفية، إنها ليست ضمن المذاهب التابعة للطائفة الإنجيلية، وذلك فى الطعن رقم 3965/ 2966لسنة 32 ق ع.
وذكرت الكنيسة أن وزارة الداخلية أشارت فى كتابها الدورى رقم 55 لعام 2006 أن الكنيسة الأسقفية هى إحدى الطوائف المعتمدة فىالبلاد، وهذا كله يثبت الوضع المستقل للكنيسة الأسقفية، وكنا ومازلنا نود أن تُحل المشاكل بين الكنائس بطريقة ودية تضمن استمرارية التعاون المشترك فى خدمة الكنيسة والوطن.