تنفذ وزارة الموارد المائية والري عددا من مشروعات التعاون الثنائي مع دولة جنوب السودان، فهناك تاريخ طويل من التعاون بين مصر وجنوب السودان في مجال الموارد المائية يمتد لسنوات طويلة تم خلالها تنفيذ العديد من المشروعات التنموية التي تعود بالنفع المباشر علي مواطني دولة جنوب السودان ، وبما يسهم في تحقيق التنمية المستدامة ورفع مستوى معيشة المواطنين .
وفى التقرير التالى نرصد مشروعات التعاون مع جنوب السودان.
1- تم إنشاء 6 محطات مياه جوفية بنطاق مدينة جوبا
2- إنشاء 7 محطات مياه شرب جوفية أخرى في المؤسسات الحكومية الهامة في العاصمة جوبا مثل الإستاد الرياضي الرئيسي بجوبا و كلية القانون بجماعة جوبا وغيرها من المواقع الحكومية.
3- تركيب وحدة رفع لنقل مياه الأنهار للتجمعات السكانية القريبة من المجاري المائية بمدينة واو بجمهورية جنوب السودان.
4- إعداد دراسات الجدوى الفنية والاقتصادية لمشروع سد واو المتعدد الأغراض بدولة جنوب السودان.
5- الانتهاء من إنشاء بعض الأرصفة النهرية لربط المدن والقرى الرئيسية بدولة جنوب السودان ملاحياً وربط بحر الغزال بالنيل الأبيض.
6- مشروع تطهير المجاري المائية بحوض بحر الغزال في المسافة من مدينة "واو" وحتى مدينة بنتيو وصولاً إلى بحيرة "نو" والتي ستسهم في خلق فرص عمل وتطوير أحوال الصيد وإنشاء مزارع سمكية وتقليل مساحات المستنقعات الأمر الذى يؤدى لتقليل الأوبئة والأمراض ، بالإضافة لحماية القري والأراضي الزراعية من الغرق نتيجة ارتفاع مناسيب المياه أثناء الفيضانات.