تعتبر الخدمة الطبية إحدى الخدمات التي تقدمها الكنيسة الإنجيلية إلى جانب من العددي من الخدمات التعليمية وخدمات المجتمع المدنى.
وبدأ الخدمة الطبية فى أسيوط سنة 1870، حيث أقيم مستشفى أسيوط (المستشفى الأمريكانى بأسيوط والذى تسمى بعد ذلك بمستشفى الإيمان) عام 1901، وبعد ذلك بعامين تم افتتاح مستشفى طنطا (والذى تسمى بالمستشفى الأمريكى).
وأوضح الموقع الرسمي للكنيسة الإنجيلية أنه فى عام 1953 تمّ افتتاح المستشفى الإنجيلى، الذى أنشأته الجمعية الخيرية الإنجيلية العامة (وهو يتبع حاليًا المؤسسة العلاجية لمحافظة القاهرة). كما يوجد حاليًا الصرح العملاق ألا وهو المركز الطبي الإنجيلي بالقاهرة.
واهتمت الكنيسة الإنجيلية أيضًا بإعداد الممرضات، فافتتحت مدرسة للتمريض بأسيوط سنة 1925 ومدرسة أخرى بطنطا سنة 1949.