تعتبر الكنيسة القبطية الكاثوليكية كنيسة كاثوليكية شرقية مستقلة، وارتبطت بشراكة كاملة مع الكنيسة الكاثوليكية فى روما بفرعها الشرقى، أى أنه مسموح للأقباط الكاثوليك بالاحتفاظ بعاداتهم وطقوسهم مع الكنسية القبطية فى روما.
وفى القرن السابع عشر وصلت الإرساليات الكاثوليكية الغربية إلى مصر وكان فى طليعتها إرسالية الآباء الفرنسيسكان، وتم لاحقا تأسيس إرسالية للآباء الكبوشيين فى القاهرة عام 1630 م، ثم فى عام 1675 م بدأ الآباء اليسوعيون نشاطهم الإرسالى بين مسيحيى البلاد، استقر بعض من هؤلاء المرسلين فى الصعيد المصرى ولاقوا هناك قبولا كثيرا بين جماعات من الأقباط هناك للدخول فى الطائفة الكاثوليكية، فقرر بابا الفاتيكان عام 1687 م تأسيس ولاية رسولية لهؤلاء الكاثوليك الجدد ووضعها تحت إشراف الآباء الفرنسيسكان، ومن ضمن هؤلاء الأقباط أرسل عدد من الشبان إلى روما للدراسة بغية إعدادهم لاستلام المهام الكهنوتية لجماعتهم الناشئة.
وكانت أعداد الكاثوليك فى مصر فى تزايد، وفى عام 1741 م اعتنق الطائفة الكاثوليكية أسقف أورشليم القبطى الأرثوذكسى الأنبا أثناسيوس، فكلفه بابا الفاتيكان البابا بندكت الرابع عشر برعاية جماعة الأقباط الكاثوليك برتبة نائب رسولى لم يكن عدد تلك الجماعة يربو على 2000 شخص، لاحقا عاد الأنبا أثناسيوس للكنيسة القبطية الأرثوذكسية ولكن هذا لم يوقف من استمرار ونمو الأقباط الكاثوليك، حيث خلفه فى إدارة شئونهم صالح مراغى فى الفترة ما بين 1744 م و1748 م، ومن ثم استلم الإدارة ثلاثة رؤساء للإرساليات الفرنسيسكانية، ثم استلمها أيضا أسقف جرجا الأنبا أنطونيوس فليفل الذى كان قبطيا أرثوذكسيا عام 1758م، ومن بعده انتقلت لروكسى قدسى عام 1781 م، وبهذا الشكل توالى على رعاية وإدارة شئون الأقباط الكاثوليك النواب الرسوليون حتى عام 1824 م عندما تمكن الفاتيكان من الحصول على سماح السلطات العثمانية – التى كانت تحكم مصر حينها – بتنصيب بطريرك للأقباط الكاثوليك، لكن تلك الموافقة كانت حبر على ورق حتى حين، وفي عام 1829 م سمح الأتراك للأقباط الكاثوليك ببناء كنائسهم الخاصة.