نفي القطاع الديني بالأوقاف ما تردد عن إسناد إدارة مسجد مولانا الإمام الحسين (رضي الله عنه) إلى أي جهة، مؤكدا أن مؤسسة مساجد تتعاون مع الوزارة في إطار البروتوكول الموقع بينهما في عملية النظافة والصيانة وأمن المسجد في حين تظل إدارة جميع الشئون الدعوية كاملة وكذلك التنظيمية من اختصاص وزارة الأوقاف.
وتابع القطاع الدينى فى بيان اليوم: "مع شكرنا لمؤسسة مساجد على ما تقدمه من جهد مشكور ومقدر في خدمة المسجد تحت إشراف وزارة الأوقاف ومن مساهمة في تطويره علما بأن جميع عمليات التطوير تمت بمعرفة الهيئة الهندسية للقوات المسلحة من خلال التنسيق بينها وبين وزارة الأوقاف، وأن وزارة الأوقاف هي الجهة الرئيسية في عملية التطوير ومؤسسة مساجد شريك مساهم في هذا التطوير من خلال البروتوكول الموقع بينها وبين الوزارة في هذا الشأن" .
وناشد القطاع الدينى ضرورة تحري الدقة في الأخبار والتركيز على ما تم من تطوير غير مسبوق للمسجد ، وعدم الاعتداد بأى أخبار دون الرجوع إلى رئيس القطاع الديني ما لم يكن الخبر منشورا على الموقع الرسمي للوزارة أو صادرا رسميا عنها أو على لسان المتحدث الرسمي لها .
وأكدت الوزارة على انفتاحها الكبير على مؤسسات المجتمع المدني في مختلف المجالات و إتاحة الفرصة أمام المؤسسات الجادة للإسهام في عمارة بيوت الله (عز وجل) وتطويرها وصيانتها مع قصر جميع الأعمال والأنشطة الدعوية و تحديد نظام وآليات العمل بالمساجد على وزارة الأوقاف دون سواها .