تعتبر كلية اللاهوت الإنجيلية إحدى أهم المؤسسات التعليمية في الكنيسة الإنجيلية في مصر، حيث يرجع تاريخها إلى شهر فبراير من عام 1863م، فقد اتخذ المجمع الإنجيلى المشيخى المصرى قرارًا بإنشاء فصل للتعليم اللاهوتى لتدريب قادة وطنيين للخدمة الدينية في الكنيسة الإنجيلية، التي كانت قد بدأت من 9 سنوات فقط.
وبدأت الدراسة بكلية اللاهوت الإنجيلية فى سبتمبر من نفس العام في مدينة أسيوط، في صعيد مصر، بستة طلاب على متن الذهبية "أيبس" التى أبحرت خلال السنوات الأولى بين أسيوط والقاهرة، تحت إشراف الإرسالية الأمريكية، وهكذا ساهمت "أيبس" بدور بارز في استضافة الكلية وفي نشر رسالة الإنجيل وتأسيس الكنائس الإنجيلية. وتنقل مقر الكلية في عدة أماكن بين أسيوط والقاهرة حتى استقر في مبنى الأزبكية منذ عام 1900 حتى عام 1926م.
وكان سنودس النيل الإنجيلي قرر في عام 1919م إنشاء مبنى مستقل للكلية بإدارة مصرية. وتحقق ذلك بأن استقرت الكلية في مكانها الحالي بالعباسية، حيث خصصت الحكومة قطعة أرض بنصف الثمن في منطقة العباسية عام 1924م، بشرط أن تنهي الكلية أعمال البناء في عامين. وافتتحت الكلية رسميًا للدراسة عام 1926م. وعلى مدار 150 عامًا، تخرج في الكلية العديد من القادة المتميزين الذين خدموا الكنيسة والمجتمع في مجالات الرعاية والوعظ والكرازة والإدارة والتنمية والتأليف والنشر والعمل المسكوني، كما خدم بعضهم كمرسلين ورعاة في السودان والعديد من دول الشرق الأوسط والخليج العربي وبلاد المهجر.