تعتبر المكتبة الباباوية فى الكنيسة الأرثوذكسية، أحد أهم المنشآت الحديثة في منظومة التعليم في الكنيسة في مصر، حيث تبلورت فكرة إنشاء هذه المكتبة لدىقداسة البابا تواضروس الثاني مع ازدياد عدد المعاهد ومراكز الأبحاث اللاهوتية، والتي تستلزم وجود مكتبة كبيرة ومركزية تحظى بالرعاية الكنسـية.
من هنا، كانت فكرة إنشاء هذه المكتبة في المقر البابوي بدير القديس الأنبا بيشوي بوادي النطرون في مصر.
وتسعى المكتبة أن تجمع في مكان واحد أكبر كمية من الكتب والمراجع والرسائل العلمية والمخطوطـات التي تفيد الباحثـين فى القبـطيات والعلوم اللاهوتـيةوالعلوم الكنسية بصفة عامة.
وفي 19 نوفمبر 2019 وبحضور أعضــاء المجمع المقدس، تم الافتتاح الرسمي لهذه المكتبة لكي تبدأ عملها وخدماتها، تأكيدًا على اهتمام الكنيسة القبطية بنواحي التعليم والدراسة والبحث.
وتهدف المكتبة إلى جمع التراث القبطي بكل أنواعه وترميمه وتوثيقه وفهرسته وتصنيفه ليَسهُل عرضه وإتاحته للدارسين والباحثين في مكان واحد، وحِفـظ الإنتاج المعرفــي عن القبطيات الصـادر من هيئـات أكاديميـة معنية بالبحث والتوثيق.
وتعمل المكتبة على تنشيط ودعم حلقة تبادل المعرفة ومجتمـع الباحثين محليًا وعالميًــا، وبالتالى الوصول إلى نموذج لمؤسســة مصريــة ثقافيـة ناجحة ورائدة قادرة على التفاعل مع المجتمع الحديث للمعلومات.