يقع المتحف القبطىداخل حدود حصن بابليون الروماني الذي يعتبر من أشهر وأضخم الآثار الباقية للإمبراطورية الرومانية في مصر، بالقرب من مجموعة كنائس مصر القديمة (كنيسة أبى سرجة، وكنيسة السيدة العذراء الشهيرة “بالمعلقة”، بالإضافة إلى المعبد اليهودى).
وذكر الموقع الرسمي للكنيسة أنه تم إنشاء المتحف القبطى خلال عام 1910م، وكان الغرض من إنشائه هو جمع الآثار والوثائق التى تسهم فى إثراء دراسة الفن القبطى فى مصر.
وتبلغ مساحة المتحف الكلية شاملة الحديقة والحصن حوالي 8000 م وهي أرض وقف تابعة للكنيسة القبطية الأرثوكسية قدمها البابا كيرلس الخامس الـ 112، وقد تم تطويره بجناحيه القديم والجديد والكنيسة المعلقة عام 1984 م
يعد هذا المتحف أكبر متحف في العالم للآثار القبطية، ويتكون المتحف من جناحين يربط بينهما ممر؛ الجناح القديم الذي شيده مرقص سميكة باشا في عام ١٩١٠م، والجناح الجديد الذي افتتح في عام ١٩٤٧م. ويضم مجموعة من أروع نماذج الفنون القبطية التي تم توزيعها على أقسام المتحف المختلفة.
ويبلغ عدد المقتنيات بالمتحف القبطي حوالي 16000 مقتنى وقد رتبت مقتنيات المتحف تبعا لنوعياتها إلى اقسام عرضت عرضا علميا فيه الترتيب الزمنى قدر الإمكان
يضم الجناح القديم للمتحف مجموعة من قطع الاثاث الخشبية والأبواب المطعمة، كما يضم الباب المصنوع من خشب الجميز الخاص بحامل أيقونات كنيسة القديسة بربارة والألواح يمكن تمييزها حيث قاموا بتركيبها في العصر الفاطمي أثناء القرن الحادي عشر والثاني عشر.
يضم الجناح الجديد مجموعة تُظهر مختلف الأنواع والطرز والموضوعات، مثل التصميمات الهندسية، لفائف نبات الاكانتس وأوراق العنب، وافريزات مزدانة بأرانب، طواويس، طيور، والانشطة الريفية، مرورا بالتراث الهيللينستى والقبطي حتى الصيغ الفنية الإسلامية في مصر. ويضم المتحف القبطي مخطوطات للكتاب المقدس تعود لآلاف السنين وهو عبارة عن تحفة معماري.
وقد ظل المتحف القبطي تابعاً للبطريركية القبطية حتى عام 1931 ثم أصبح تابعاً لوزارة الثقافة المصرية. ويتراوح متوسط عدد الزائرين يوميا من 200 إلى 250 فرد من جنسيات مختلفة.