يقع المتحف القبطى داخل حدود حصن بابليون الرومانى، حيث يعتبر من أشهر وأضخم الآثار الباقية للإمبراطورية الرومانية في مصر.
ويقع بالقرب من مجموعة كنائس مصر القديمة (كنيسة أبى سرجة، وكنيسة السيدة العذراء الشهيرة "بالكنيسة المعلقة"، بالإضافة إلى المعبد اليهودي)، وتم إنشاء المتحف القبطي خلال عام 1910م، وكان الغرض من إنشائه هو جمع الآثار والوثائق التي تسهم في إثراء دراسة الفن القبطي في مصر.وتبلغ مساحة المتحف الكلية شاملة الحديقة والحصن حوالي 8000 م وهي أرض وقف تابعة للكنيسة القبطية الأرثوكسية قدمها البابا كيرلس الخامس الـ 112، وقد تم تطويره بجناحيه القديم والجديد والكنيسة المعلقة عام 1984م.
ومن أبرز المشاهير الذين زاروا المتحف القبطى الملك فؤاد الأول، حيث أوصى بضرورة وجود مكتبة تحوى أمهات الكتب في المجال القبطى وتبرع بمبلغ 500 جنيه من أجل هذا الغرض وكانت النواة الأولى لهذه المكتبة هي مجموعة المخطوطات المحفوظة في الكنيسة المعلقة.
وزار المتحف القبطى العديد من رؤساء وزعماء العالم، ونذكر منهم الرئيس الأمريكي تيودور روزفلت الذى زار المتحف عام 1910 كما زاره الملك فؤاد الأول عام 1920 ثم المرة الثانية عام 1930 بصحبة الملك ألبرت الأول ملك بلجيكا، وزاره أيضا الإمبراطور هيلاسلاسى إمبراطور إثيوبيا الراحل في 28 يونيه عام 1959 وزارته أيضا وليه عهد الدانمارك في نوفمبر 1962 وصحبها الدكتور ثروت عكاشة وزير الثقافة في ذلك الوقت، والرئيس نكرونا رئيس غانا الراحل وتبرع بمبلغ 4000 جنيه مصري نقداً للمتحف.