تعتبر الكنيسة المرقسية الكبرى بالعباسية واحدة من أكثر المقرات الباباوية عمراً في تاريخ الكنيسة، حيث قام البابا مرقس الثامن بنقل الكرسى البابوى من حارة الروم إلى الكنيسة المرقسية الكبرى بالدرب الواسع، حيث استمرت من سنة 1799 إلى سنة 1971.
ويذكر الموقع الرسمي للكنيسة أنه لبناء هذه الكنيسة قصة طريفة يرويها على باشا مبارك فيقول ( وسبب إنشاء هذه الكنيسة أن الأمير الشهير المعلم إبراهيم الجوهرى – رئيس كتبة القطر المصرى – اتفق له أحد السيدات المحترمات السلطانية ولعلها أخت السلطان كانت قدمت من القسطنينية إلى مصر قاصدة الحج ؛ولكونه متقدما فى الدولة تقدما مشهورا باشر بنفسه أداء الخدمات الواجبة لمثلها فى الذهاب والعودة وقدم لها الهدايا اللائقة لرفيع مقامها فأرادت مكافأته علي خدمته التي أبداها معها ؛ فسألت عن مرغوباته فالتمس منها المساعدة فى إصدار فرمان سلطانى بالرخصة فى إنشاء كنيسة بالأزبكية حيث مستقر سكنه والتمس منها أشياء أخرى كرفع الجزية عن الرهبان إلى غير ذلك فقوبل رجاؤه بالإجابة.
ويذكر الموقع الرسمي للكنيسة أنه توفى فى 25 بشنس سنة 1511 الموافق ختام سنة 1209 هلالية قبل الشروع فى البناء، وحينما تولى أخوه جرجس أفندى منصبه أتحد مع البطريرك وباقى أكابر الأمة وشرعوا فى بنائها بجانب القلاية وانتهت عمارته سنة 1516 للشهداء كما ذكرنا، ويقال إن أصل الموقع الذى بنيت فيه الكنيسة كان ملكا للأمير يعقوب والمعلم ملطى الذين كانوا موظفين فى وظائف شهيرة مدة حكم الفرنسيس وتنازلا عنه للكنيسة ولإتخاذ البطريرك القلاية سكنه بجانبها صارت هذه الكنيسة الأولي من الكنائس المصرية ) وبالفعل تم تكريس الكنيسة للصلاة في 14 سبتمبر 1800 علي يد البابا مرقس الثامن .