رصد تقرير حكومى صادر عن معهد التخطيط القومى، 9 تحديات تواجه قطاع الموارد المائية فى مصر، فى إطار بحث الحكومة عن معالجة ازمة المياه المحتملة، ومعرفة أسباب المشكلة للوصول إلى حلول لها، وفيما يلى التحديات التى تواجه قطاع الموارد المائية فى مصر.
1- أزمة الزيادة السكانية.
2- تزايد فجوة الطلب والعرض.
3-عدم كفاية الاستثمارات الحكومية المتاحة.
4- ضعف استرداد التكلفة / استعاضة التكاليف.
5-التلوث الناتج عن النمو الصناعى.
6- السيطرة البيروقراطية.
7- انخفاض مستوى الوعى.
8- تراجع مستوى مشاركة أصحاب المصلحة stakeholders
9-التركيز والاهتمام بالبعد البيئى على حساب قطاع الموارد المائية.
وكشف التقرير أن مدخلات نظام الموارد المائية فى مصر تتمثل فى مياه الأمطار ومياه السد العالى والمياه الجوفية العميقة بينما تتمثل المخرجات فى الاستخدامات اليومية العادية والصرف فى البحر ومياه الصرف غير المعالج والتبخر من سطح المياه والتغيير فى تخزين المياه الجوفية.