للتعاون الأمريكي الإخوانى جذور تاريخية، وضع بذرتها مؤسس الإرهابية حسن البنا، منذ أربعينيات القرن الماضى، واختارت الاستخبارات الأمريكية الجماعة للتأثير على العرب بما يصب فى صالح واشنطن. ووفقا لتقارير إعلامية، بدأت الاتصالات بمسؤولين أمريكيين والإخوان المسلمين في مصر، خلال حياة مؤسسها حسن البنا في الأربعينيات من القرن الماضي.
وكان المدخل المشترك للحوار بينهما هو مقالات البنا التي تهاجم الشيوعية وتعتبرها "إلحاداً تجب محاربته"، أمريكا عرضت التعاون من أجل محاربة "العدو المشترك"، مقترحة آلية للتعاون على البنا "برجالكم ومعلوماتكم ونحن بمعلوماتنا وأموالنا"، ّ وهو أمر رحب به البنا.
كانت الخطة تقوم على إيجاد شخصية دينية مؤثرة في الشارع المصري قادرة على التأثير في الجماهير العربية بطريقة تتناسب مع المصالح الأمريكية، وكان الاختيار هو قادة الإخوان وزرع بذور علاقة سرية بين وكالة الاستخبارات المركزية والجماعة، لكن لن يتم الكشف عن تفاصيل الشخصيات الإخوانية التي تم الاتفاق معها.
كان حسن الهضيبي المرشد الثاني لجماعة الإخوان بالفعل على تواصل دائم مع السفير الأمريكى في القاهرة، وتمت عملية اختيار الهضيبي مرشداً للجماعة أساساً بالتوافق بين الاستخبارات الأمريكية والإخوان.
وكان الإخوان يريدون مرشداً من التنظيم السري، لكن الاستخبارات الأمريكية رفضت ذلك، وكل الإخوان كانوا على علم بشأن اللقاءات المنتظمة للسفير الأمريكى جيفرسون كافري مع الهضيبي والشيخ الباقوري ومحمود مخلوف. كان الأمريكيون يبحثون مع الإخوان علاقتهم بعبد الناصر ومكافحة الشيوعية وكل تفاصيل الحياة السياسية في مصر".