ينحدر أيمن الظواهرى من عائلة متوسطة، حيث مارس مهنته كطبيب قبل أن يتبنى الفكر المتشدد. وبعد مقتل أسامة بن لادن خلفه في زعامة تنظيم القاعدة، حيث كان عقل التنظيم المدبر ومؤسس استراتيجياته.
وولد أيمن محمد ربيع الظواهري في ضاحية المعادي بالقرب من العاصمة المصرية القاهرة في 19 يونيو من العام 1951.
وكان والد الظواهري طبيبا معروفا وجده إماما، ويأتي انخراط الظواهري الابن في المجتمع الإسلامي في سن مبكرة، حيث نشر العديد من الكتب عن الأصولية الإسلامية التي كانت بالنسبة للكثيرين رمزا للحركة الإسلامية المتطرفة.
وكانت المرة الأولى التي سمع فيها العالم عن أيمن الظواهري عندما وقف في قفص بقاعة المحكمة بعد اغتيال الرئيس المصري أنور السادات العام 1981.
حينها أعلى الظواهري صوته إلى جانب المتهمين الآخرين الذين أغضبهم اتفاق السلام الذي أبرمه السادات مع إسرائيل، بالقول إنهم "ضحوا ومستعدون لمزيد من التضحيات حتى انتصار الإسلام".
وحكم عليه بالسجن ثلاث سنوات بتهمة حيازة سلاح دون سند من القانون، لكنه بُرئ من التهم الرئيسية.
وذهب الظواهري، الذي درس الجراحة ليكون أحد الأسماء المستعارة له "الطبيب"، إلى باكستان عند إطلاق سراحه حيث عمل مع الهلال الأحمر في علاج الإرهابيين الجرحى في أفغانستان الذين كانوا يقاتلون القوات السوفيتية.
وفي العام 1999 حكمت محكمة عسكرية مصرية غيابيا على الظواهري بالإعدام بينما كان يعيش إلى جانب بن لادن الذي ساعده في تشكيل القاعدة. وكان واحدا من خمسة موقعين على "فتوى" بن لادن التي تدعو لشن هجمات ضد الأمريكيين.
ولقي أيمن الظواهري حتفه فجر الأحد في كابول بعد عملية تعقب استمرت لسنوات، أطلق صاروخان من طائرة مسيرة أديا إلى مصرعه.