اسمه محمد الأحمدى، ابن الشيخ إبراهيم الظواهرى، ولد سنة 1878 فى قرية كفر الظواهرى، محافظة الشرقية.
كان والد الشيخ الأحمدى من علماء الأزهر، وكان شيخًا لمعهد طنطا، وكان جده أيضًا من علماء الأزهر، ولقد تأثر الشيخ الأحمدى بأبيه، وقد سماه والده محمد الأحمدى تيمنًا باسم السيد أحمد البدوى.
وقد تأثر الشيخ الإمام محمد الأحمدى الظواهرى بالإمام محمد عبده، فقد كان مُعجَبًا بأسلوبه فى الكتابة والبحث والتدريس، مُؤمنًا بدعوته فى إصلاح الأزهر.
فى أغسطس سنة 1907م توفى والده، فخلا منصبه (شيخ معهد طنطا)، وهو من الجهة الرسمية يلى منصب شيخ الأزهر، فتاقت نفسه لأن يخلف والده فى هذا المنصب، فرفض شيخ الأزهر هذه الرغبة، وانتهى الأمر بأن أصدر الخديوى قرارًا بتعيين الشيخ محمد المحلاوى، شيخًا للمعهد، وتعيين الشيخ عبد الله دراز وكيلا له، ثم عزل المحلاوى وجعل الشيخ محمد حسين العدوى شيخًا للمعهد، وكان الشيخ العدوى ممن يميلون إلى الإصلاح، فاختار الشيخ الإمام الأحمدى للتدريس بالقسم العالى فى المعهد وعهد إليه بتدريس المصادر الكبرى التى لا تدرس إلا لطلبة العَالِمية.
ولما خلا مكان (شيخ معهد طنطا) رشَّح الخديوى الشيخ الإمام الأحمدى ليشغله على الرغم من معارضة كبار المشايخ، وتم التعيين فى يناير سنة 1914م فدعا الخديوى لافتتاح المبنى الجديد للمعهد، فأجاب الدعوة وسُرَّ كثيرًا بما رآه، وحاول الشيخ أن يقوم بإصلاحات فى المناهج ووسائل التدريس بالمعهد وإضافة علوم جديدة طبقًا لنزعته ودعوته الإصلاحية، ولكنه كان مُقَيَّدًا فى هذا كله بالحصول على موافقة المجلس الأعلى للأزهر، وكان معظم أعضائه من المحافظين فرفضوا ما قدَّمه من طلبات الإصلاح.
ولَمَّا تولى السلطان حسين كامل الحكم اتصل الشيخ به وتوثقت بينهما الصِّلات فعينه عضوًا بالمجلس الأعلى للأزهر، ولما توفى السلطان حسين تولَّى العرش مكانه الملك أحمد فؤاد الأول، اتصل الشيخ به وقويت علاقته، وكان يستدعيه لزيارته ويقبل عليه، ولكن بعض الحاقدين على الشيخ أبلغ الملك أن الشيخ على علاقة وثيقة بالخديوى عباس المقيم بالأستانة، وكان بينه وبين الملك أحمد فؤاد عداء، وتوالت الدسائس على الشيخ التى كانت من نتائجها إلغاء القسم العالى بمعهد طنطا، وبالتالى لأهمية شيخه، ثم صدر القرار بنقله شيخًا لمعهد أسيوط، وكان معهدًا ابتدائيًّا صغيرًا، وذلك ليحولوا بين الشيخ وبين المناصب العليا.
وبعد إلغاء الخلافة فى تركيا تألفت فى القاهرة لجان عديدة من العلماء والوجهاء للنظر فى أمر الخلافة الإسلامية، فحمل الشيخ أعباء تأليف لجان عديدة بالصعيد، ونجح فى هذا نجاحًا كبيرًا، ودعا علماء الأزهر المسلمين إلى عقد مؤتمر عام بالقاهرة، فارتابت البلاد الإسلامية فى هذه الدعوة وظنوا مصر طامعة فى الخلافة الإسلامية، وكان الملك فؤاد قد أدرك حقيقة الدسائس التى دسها خصوم الشيخ له فقرَّبه منه، فقابل الشيخ الملك فؤاد وأطلعه على الموقف، وصارحه بأن الجو غير مناسب لعقد المؤتمر بالقاهرة، وصارحه الملك بأنه يطمع فى الخلافة.
ولما انعقد المؤتمر بالقاهرة سنة 1926م وكان الشيخ الإمام الظواهرى فى طليعة أعضائه اختلف أعضاء المؤتمر اختلافًا كبيرًا وتوجس الغيورون منهم الخوف من انشقاق العالم الإسلامى، فكان الشيخ الظواهرى جريئًا كل الجرأة فى اقتراح انفضاض المؤتمر، لأنه لم يكتمل فيه تمثيل الأمم الإسلامية، فانفض المؤتمر وتأجل بحث موضوع الخلافة إلى أجل غير موقوت.
فى سنة 1925م تجددت دعوة إصلاح الأزهر والنهوض به، فزار الشيخ عبد العزيز جاويش والشيخ الخضرى أسيوط؛ للاجتماع بالشيخ الأحمدى والتفاهم معه فى هذا الموضوع، وبعد التشاور عادا إلى القاهرة، وتألفت لجنة برئاسة إسماعيل صدقى باشا وبعض النواب والشيخ، وكان من أعضائها: أحمد لطفى السيد، والشيخ عبد العزيز جاويش، والشيخ محمد مصطفى المراغى، والشيخ الأحمدى الظواهرى، وكان الذى اقترح تأليف اللجنة عدلى باشا رئيس الوزراء وعلى الشمسى باشا وزير المعارف، وبعد عدة جلسات انتهى الرأى إلى طلب إلغاء مدرسة القضاء الشرعى، وكذلك مدرسة دار العلوم، ولكن بشرط أن يكون الأزهر تابعًا لوزارة المعارف، وتكون لها السيطرة عليه، على أن يبقى لشيخه مظهره الدينى وتقدمه فى الرسميات، وكان رأيًا خطيرًا يكاد يعادل إلغاء الأزهر، وهدم مكانته التاريخية ومنزلته فى العالم الإسلامى كله، وهنا وقف الشيخ الأحمدى موقفًا كريمًا ثار فيه على هذا الرأى قائلا: كيف نضم الأزهر للمعارف فى الوقت الذى ننادى فيه باستقلال الجامعة المصرية وبُعدها عن نفوذ وزارة المعارف؟! اللهم إلا إذا كان وراء هذا الضم غرض خفى هو القضاء على الأزهر ونفوذ الأزهر، وبالتالى القضاء على النفوذ الدينى فى البلاد، فقد قيل وقتًا ما: إن هذه هى أُمنية دول الاستعمار.
ثم قدم مذكرة باعتراضه إلى الملك فؤاد، فاستدعاه وناقشه فى اعتراضه، واقتنع بوجهة نظره، ورفض ضم الأزهر إلى وزارة المعارف.
لما توفى الإمام أبو الفضل الجيزاوى شيخ الأزهر تم تعيين الشيخ المراغى نحو عشرة شهور،لكنه قدم استقالته، وصدر الأمر بتعيين الشيخ الأحمدى شيخًا للأزهر فى 7 من جمادى الأولى سنة 1348هـ الموافق 10 من أكتوبر سنة 1929م.
ثم لما تولَّى الشيخ الإمام الظواهرى المشيخة بدأ فعلا فى الإصلاح الذى كان يريده، فتمكن من إلغاء مدرسة القضاء الشرعى اكتفاء بكلية الشريعة، ومن إلغاء تجهيزية دار العلوم تمهيدًا لإلغاء كلية دار العلوم اكتفاء بكلية اللغة العربية، وأطلق اسم الجامع الأزهر على كليات التعليم العالى وعلى أقسام التخصص، وأطلق اسم المعاهد الدينية على المعاهد الابتدائية والثانوية الملحقة بالأزهر.
ولم يكن الإصلاح مقتصرًا على تنظيم الكليات وتعديل المناهج العلمية، وإنما أصدر مجلة ثقافية تتحدث باسم الأزهر وتراثه العريق باسم مجلة (نور الإسلام) ثم تغير اسمها بعد إلى (مجلة الأزهر)، وبدأ إصدارها فى المحرم سنة 1349هـ = مايو سنة 1930م.
ومن الملاحظ أنَّ الشيخ الإمام لم يستطع تحقيق كل ما يطمح إليه فى كتابه (العلم والعلماء) لاعتبارات سياسية، ونجحت التيارات الحزبية والسياسية فى إحاطته بِجَوٍّ خانق من العداء، فقدم استقالته فى 23 من المحرم سنة 1354هـ الموافق 26 من أبريل سنة 1935م، فقبلت استقالته وأعيد الإمام المراغى للمشيخة مرة ثانية.