ظلت الحملة الفرنسية فى مصر نحو 39 شهرًا ثم غادرت يوم 18 أكتوبر 1801، لكن الكثير من الكتب صورت لنا أن الفرنسيين فى أواخر أيامهم كانوا يفكرون فى الفرار من مصر، لكن الأسطول الإنجليزى كان يمنعهم من ذلك، ويبدو أن هذه الصورة غير واضحة تمامًا.
هناك صورة أخرى تذهب إلى أن الجنرال مينو، الذى تولى قيادة الحملة بعد مقتل كليبير كان لديه مشروعًا لبقاء الحملة فى مصر وتحويلها إلى مستعمرة فرنسية كبرى.
كان مينو يحمل فكرة تسمى "المشروع العظيم" وتحمل خطة تطوير فى كل المجالات منها:
فى الصناعة
اقترح مینو إنشاء مصنع للنسیج ومصانع للحدادة والساعات والدباغة وصناعة حروف الطباعة، كما تم إنشاء طواحین ھواء وإصلاح دار الصناعة الترسانة.
فى التجارة
عمل مینو على فتح أسواق لمصر فى بلاد البحر الأحمر فسارت المراكب بین جدة وینبع والسویس محملة بالأنسجة القطنیة والشیلان الصوفیة والحرائر والبن.
فى الصحة
أنشأ مینو محاجر صحیة فى القاھرة والإسكندریة ودمیاط ورشید، كما أنشأ مستشفى عسكرى.
فى القضاء
قرر مینو رفض مبدأ الدیة ورفض أن یترك لأسرة المقتول مطاردة القاتل والاقتصاص وترك ھذا الأمر إلى القضاء، وإنشاء محكمة لكل طائفة من الطوائف الموجودة مثل القبط والشوام والأروام والیھود، كما تقرر عرض الأمر على القضاء الإسلامى إذا رغب أحد الطرفین أو كلیھما فى ذلك.
وكان المشروع العظیم یقوم على:
- المساواة بین المصریین فیما یؤدونه من ضرائب
- حرمان الملتزمین من ممارسة شئون القضاء والإدارة
- إلغاء كل الضرائب التي ابتكرھا الملتزمون والبكوات الممالیك مثل المیرى والبرانى والفایض، وتقریر ضریبة واحدة تقوم على حساب عدد أفدنة الحیازة وحسب درجة الجودة.
- تحریر الفلاح من جمیع القیود المالیة والقضائیة لیصبح فى مقدوره لأن یتصرف فى الأرض التى فى حوزته.