كان رد الحملة الفرنسية على سليمان الحلبى عنيفا، فبعدما قام الحلبى باغتيال "كليبر" قبض عليه، وأقيمت له محاكمة، لكن فى النهاية كانت الأحكام قاسية جدا، فقد قضت المحكمة بإعدام زملاء سليمان الحلبى أمام عينيه وإحراق جثثهم، أما الحلبى فقد حكم عليه بإحراق يده اليمنى التى قتل بها كليبر وإعدامه بالخازوق، وتم التنفيذ يوم 17 يونيو من عام 1800 ميلادية.
ونشر موقع "عرب لايت" تحت عنوان "رحلة جثمان سليمان الحلبى.. من تل العقارب إلى متاحف باريس" متتبعا الرحلة يقول:
يقول كتاب "صفحات من دفتر الوطن" لـ صلاح عيسى، أن الجنود أحضروا نعش كليبر إلى منطقة تل العقارب بالسيدة زينب التى سينفذ فيها الحكم على الحلبى وزملائه، ليشهد النعش تنفيذ العقاب، حيث توجه "راتليمي" محافظ القاهرة اليونانى، وأطاح بسيفه برؤوس زملاء الحلبى الثلاثة محمد وعبد الله الغزى وأحمد الوالى، أما الرابع سعيد عبد القادر الغزى فقد تمكن من الفرار، وكانوا جميعهم من غزة.
بعدها تسلم بعض معاونى بارتليمى الرؤوس التى تخضبها الدماء ورفعوها فوق عصى طويلة وغرسوها فى أرض التل، ثم وضعت جثثهم فوق كومة ضخمة من الحطب والأخشاب وأشعلوا فيها النيران.
ثم توجه "بارتليمي" إلى الحلبى ووضع كفه فى مجمرة من الفحم لإحراقها، وكان من المدهش أن سليمان لم يشك ولم يتكلم والنار تأكل لحمه الحي، ثم بدأت عملية الخوزقة، حيث أحضر "بارتليمى" قضيبا مدببا من الحديد، ثم بدأ فى إدخاله فى شرج سليمان الحلبى بالدق بمطرقة خفيفة، حتى لا يحدث نزيفا يؤدى إلى موته قبل أن يتعذب بما يكفي، ثم رفع الخازوق قائما وعليه سليمان، ثم غرس فى الأرض.
وظل سليمان الحلبى على هذا الوضع دون أن يصرخ، حيث كان يردد الشهادتين وبعض آيات من القرآن، وبعد أربع ساعات ونصف كان من تجمعوا لمشاهدة الإعدام غادروا المكان، فقام أحد الجنود الفرنسيين بإعطاء الحلبى شربة ماء وهو فى النزع الأخير، فلفظ أنفاسه فى الحال.
دفن جثمان سليمان الحلبى فى مصر بعد قطع الرأس، لكن الجمجمة كان لها شأن آخر فقد حصل عليها الطبيب الفرنسى لاريه، وكان من أعضاء المجمع العلمي، وضمها إلى مجموعته الخاصة التى كان يستخدمها لتعليم طلاب الطب التشريح، وظلت الرأس بحوزة لاريه، إلى أن قررت الحملة الفرنسية مغادرة مصر، حينها قام الجنرال فرانسوا مينو الذى تولى قيادة الحملة بعد كليبر، باستخراج جثمانى كل من كليبر وسليمان الحلبى واصطحابهما إلى فرنسا.
وغادر لاريه مع الحملة ومعه رأس سليمان الحلبي، حيث واصل عرضها على الطلاب لعدة سنوات، وفى النهاية تم تقديم الرأس إلى متحف الإنسان بقصر "شايوه" فى باريس، فيما ظل مصير ومكان الجثمان مجهولا لفترة طويلة.
