فى عام 1665 و1666، عانت مدينة واحدة من مأساتين هائلتين: طاعون لندن العظيم ونار لندن الكبرى، وقتل الطاعون ما يقرب من 15 إلى 20 %من سكان المدينة، فى حين أحرقت النار حوالى ربع مدينة لندن، مما أدى إلى تشريد ما يقرب من 100000 شخص، وعلى الرغم من أن المدينة سجلت رسميًا فقط عددًا صغيرًا من الوفيات من جراء الحريق، إلا أن عدد القتلى الحقيقى كان على الأرجح مرتفعًا جدًا.
غالبًا ما يرغب البشر فى العثور على بطانة وسط الكارثة، وواحدة من الأساطير التى ظهرت حول هذه المآسى، أن النار الكبرى أنهت الطاعون العظيم بطرد الفئران التى كانت تنشر المرض، وجاء ذلك بحسب ما ذكرت المؤلفه "أدريان تينيسوود"، زميل أبحاث كبير فى التاريخ بجامعة باكنجهام بإنجلترا فى كتابه "بإذن السماء..قصة الحريق العظيم".
كان الطاعون العظيم آخر تفشى كبير للطاعون فى لندن، وهى عدوى بكتيرية تسببها اليرسينيا الطاعونية، بدأ تفشى المرض فى أواخر الشتاء أو أوائل الربيع عام 1665، وبحلول الوقت الذى فر فيه الملك تشارلز الثانى من المدينة فى يوليو، كان الطاعون يقتل حوالى ألف شخص فى الأسبوع، بلغ معدل الوفيات ذروته فى سبتمبر عندما توفى 7.165 شخصًا فى أسبوع واحد.
رسميا سجلت المدينة 68596 حالة وفاة بسبب الطاعون العظيم، وربما تجاوز عدد القتلى 100000، معظم هذه الوفيات كانت من الطاعون الدبلى، وهو شكل من أشكال الطاعون ينتشر من خلال البراغيث على الثدييات الصغيرة فى لندن.
بعد أن بلغ الوباء ذروته فى سبتمبر 1665، بدأت وفيات الطاعون فى المدينة تتراجع فى الشتاء، لذلك على الرغم من أن لندن استمرت فى الإبلاغ عن ضحايا الطاعون حتى عام 1679 ، إلا أن الفاشية الكبرى انتهت فى الغالب بحلول 2 سبتمبر 1666 ، وهى الليلة التى بدأ فيها خباز يدعى توماس فارينر عن غير قصد فى حريق لندن العظيم.
