مرت 5 سنوات على نظرية البريطانى نيكولاس ريفز التى زعم فيها أن مومياء الملكة نفرتيتى توجد خلف مقبرة الملك توت عنخ آمون، وبعد دراسة طويلة لم يتوصل إلى شيء، ويبدو أن الملكة المصرية الشهيرة لم تدفن هناك، ورغم أن البحث لم يصل لنتيجة لكن فريقا من علماء المصريات لا يزال يعتقد أن الملكة القديمة يمكن أن تكون مدفونة فى غرفة سرية داخل مقبرة الملك توت عنخ آمون، فيما يرى الدكتور زاهى حواس، أن نظرية "نيكولاس" ما هى إلا خزعبلات وخرافات لا تمت للعلم بصلة.
وبعض النظريات فسرت عدم وجود قبر معلوم لملكة مصر العظيمة نفرتيتى بسبب انفصالها عن زوجها إخناتون فى نهاية أيامه، كذلك بسبب تنازعها على الحكم مع سمنخكارع بعد وفاة إخناتون، وضعف شخصية توت عنخ آمون.
وعن واقعة انفصال الملكة نفرتينى عن زوجها الملك الموحد إخناتون، ذكر عالم الآثار المصرية الدكتور سليم حسن فى موسوعته "مصر القديمة" فى الجزء الخامس، أن لوحة محفوظة الآن فى متحف "برلين" تدل على منتهى الاستهتار بالأخلاق والآداب يبدو فيها "إخناتون" ملاصقًا لأخيه "سمنكارع" مطوقًا خصره بإحدى يديه، ويداعب بالأخرى ذقنه فى حب وتدليل، وكل منهما يلبس تاج الملك، ولا شك فى أن هذه الصورة تبعث فى نفس من يراها معانى كثيرة عن العلاقة الجنسية الشاذة بين الأخوين، ولم تُطِقْ "نفرتيتى" زوجه الجميلة صبرًا على ذلك، فقام نزاع بينها وبين الفرعون، فهجرت قصرها طوعًا أو كرهًا إلى حى آخر فى المدينة يُسمَّى "ظل رع"، وانتحت مع "توت عنخ آمون" هذا المكان الجديد، وتركت قصرها الأول "لإخناتون" وأخيه المحبوب "سمنكارع" وزوجته، وهى الابنة الثانية له المسماة "مريت آتون".
ومن هنا وجدنا الملك قد أمر بمحو اسم "نفرتيتي" من كل مكان يتحلى به فى القصر، ونقش بدله اسم "مريت آتون وسمنكارع"، ولأمر ما أثبت "إخناتون" اسم "مريت آتون" على قصر والدتها "نفرتيتى" مع ذكر نسبتها إليه دون أمها، مخالفًا بذلك التقاليد الملكية التى كانت متبعة، على أن هناك أمرًا ذا بالٍ ربما كان سببًا فى ازدياد النفور بين "نفرتيتي" و"إخناتون"، ذلك أن "إخناتون" لم يقتصر فى ضلاله على الحد الذى ذكرنا، بل إنه تمادى وتزوج من ابنته الثالثة "عنخس إن با آتون"، ووضعت منه أنثى سُميت بهذا الاسم، فأى صلاح يُرجى منه بعد، ولم يكن زواج الملوك من بناتهم شائعًا حتى ذلك الوقت، ولا نعرف منه إلا ثلاث حوادث من هذا النوع فى تاريخ الفراعنة، منها واحدة مشكوك فيها.
ويشير الدكتور سليم حسن فى موسوعته الشهيرة إلى أنه بعد رحيل أخناتون تولى "سمنخكارع" واستقر هو وزوجته "مريت آمون" ابنة "إخناتون" فى "طيبة"، وأراد رجال البلاط وعلى رأسهم الكاهن "آى" الذى كان أكبر مشجع "لإخناتون" على نشر مذهبه الجديد أن تستقر الأمور، ولكن "نفرتيتى" كانت لهم بالمرصاد، دفعها الحقد على سمنخكارع، والحسرة على الهناءة التى سُلِبَتْها فى كنف زوجها الراحل أن تنتقم؛ فلم تبايع "سمنخكارع" بالعرش، ولم تعترف له بأى حق فيه، واستمالت نصيره الأول "آى"، ثم استنجدت بملك "خيتا" وطلبت منه أحدَ أبنائه ليكون زوجًا لها ووارثًا لعرش مصر، وهكذا كادت "لسمنخكارع"، وسببت له متاعب كثيرة، ولما تأكد "شبيليوليوما" ملك "الخيتا" من صدق رغبة "نفرتيتى" أرسل أحد أنجاله إلى مصر، ولكن الأمور كانت تجرى سريعة فى "تل العمارنة" وفى "طيبة"، فقد مات الملك "سمنخكارع"، وهنا وثب الثوار على ابن ملك "خيتا" وقتلوه فى الطريق غيلة، فتعقد الموقف، ثم انفرج باعتلاء "توت عنخ آمون" بن "أمنحتب الثالث" عرش البلاد، ومعه زوجه "عنخس إن با آتون" ابنة "إخناتون" و"نفرتيتى".