تغيرت حياته بعد حادثة تعرض لها وتحول إلى راهب، إلا أن الفساد الذى رآه فى الكنيسة الكاثوليكية بالإضافة إلى دراسته للاهوت، أوصلته لينكر سلطة البابا المطلقة وهو ما اعتبر هرطقة، ونجح لوثر فى التخفى وتأسيس الكنيسة اللوثرية الإصلاحية والتى انتشرت بمساعدة من بعض الأمراء الألمان.
شهدت حياة مارتن لوثر تحولاً جذرياً فى تموز عام 1505، حيث علق فى عاصفة رعدية مرعبة خاف منها على حياته، فدعى القديسة آن أن تنقذه مقابل أن يتحول إلى راهب، وبالفعل فقد نجى مارتن لوثر من العاصفة وقرر المحافظة على وعده رغم خيبة الأمل الكبيرة التى أصابت والده.
لم تكن سنوات لوثر الأولى كراهب سهلة، حيث لم يجد الطريق الذى كان يتخيله. فى عمر 27 ووقتها حصل مارتن لوثر على فرصة لزيارة روما وحضور مؤتمر للكنيسة الكاثوليكية، لكنه عاد منه أكثر ضياعاً وأقل حماساً بعد ما رأى من الفساد وغياب المنطق والعقل فى صفوف الكنيسة الكاثوليكية.
خلال حياته الرهبانيّة، كرّس لوثر قسطًا طويلاً من يومه للصوم الطويل والتأمل والصلاة، والحج والاعتراف المتكرر. لوثر وصف هذه الفترة من حياته لاحقًا بأنها مرحلة من اليأس الروحى العميق، وقال أنه فقد الاتصال مع المسيح المعزي، والذى تحوّل إلى سجّان ومضطهد للفقراء، فى ظل غياب العدالة والظلم الواقع فى ألمانيا آنذاك. لاحقًا، قرر يوهان فون ستايبيتز، رئيس الرهبنة، أن لوثر بحاجة إلى العمل لصرفه عن التأمل المفرط، وأمره بمتابعة العمل الأكاديمي؛ بناءً على ذلك عُين عام 1507 أستاذًا للكهنوت فى كان، وفى عام 1508 بدأ تدريس اللاهوت فى جامعة فيتنبرج، ثم حصل على درجة البكالوريوس فى دراسات الكتاب المقدس فى 9 مارس 1508، ودرجة أخرى للبكالوريوس فى عام 1509، وفى 19 أكتوبر 1512حصل على درجة دكتوراه فى أصول الدين، وأخيرًا فى 21 أكتوبر 1512 حصل على درجة الدكتوراه فى الكتاب المقدس، وعاد إلى جامعة فيتنبرغ، حيث قضى القسط الأوفر من حياته.
ركز فكر لوثر اللاهوتي، أن الله يمنح المغفرة بمعزل عن أى عمل صالح، وأن الغفران يحل من أى عمل تكفيرى أو عقوبة مرتبطة به، واعتبر أنه لا يجوز على أتباع المسيح القبول بمثل هذه «الضمانات الكاذبة» المتعلقة بالعمل الصالح. فى يناير 1518 قام مجموعة من أصدقاء لوثر بترجمة الأطروحات الخمسة والتسعين من اللاتينية إلى الألمانية وطبعت ثم وُزعت النسخ على نطاق واسع، ما جعلها واحدة من أول أكثر الكتب انتشارًا فى التاريخ.