يؤكد الكتاب القدماء والمؤرخون أنكليوباترا السابعةومارك أنطونيو دُفنا معًا فى مقبرة بعد وفاتهما فى 30 قبل الميلاد، حيث كتب المؤرخ بلوتارخ (45-120 م) أن القبر يقع بالقرب من معبد إيزيس، وهى آلهة مصرية، وكان نصبًا "نبيلًا وجميلًا" يحتوى على كنوز مصنوعة من الذهب والفضة والزمرد واللؤلؤ والأبنوس والعاج.
وبقى موقع المقبرة مجهولاً منذ تاريخ الدفن (عام 30 قبل الميلاد) ويعتقد أن مكان الدفن قرب الإسكندرية فى مصر، وبناء على رأى المؤرخين الرومانيين سويتونيوس وفلوطرخس، فإن القائد الرومانى أغسطس سمح بدفنهما معاً بعد أن انتصر عليهما وتم أخذ من نجا من أطفالهما إلى روما لكى يكبروا كمواطنين رومانيين.
ووفقًا لموقع لايف ساينس ففى عام 2010 أطلق زاهى حواس وزير الآثار المصرى الأسبق حفريات فى موقع بالقرب من الإسكندرية يسمى الآنTaposiris Magna، والذى يحتوى على عدد من المقابر التى تعود إلى العصر الذى حكمت فيه مصر كليوباترا السابعة.
وفى حين تم إجراء العديد من الاكتشافات الأثرية المثيرة للاهتمام، لم تكن مقبرة كليوباترا السابعة من ضمنها وقد أكد علماء الآثار أنه حتى لو نجت مقبرة كليوباترا حتى يومنا هذا، فإنها بكل تأكيد تعرضت للنهب الشديد ولن يمكن التعرف عليها.
وقبل عام اكتشف العلماء اثنين من المومياوات لمن عاشوا فى زمن كليوباترا فى مدينة أبوصير بالقرب من مدينة الإسكندرية، ما يشير إلى أنه من المؤكد دفن الملكة منذ 2000 عام فى الإسكندرية عروس البحر المتوسط.