لم يكن اغتيال المفكر فرج فودة فى 8 يونيو من سنة 1992 أمرا عاديا، لكنه الحدث الذى صبغ التسعينيات وأثر على الكثير من الأحداث.
أنهى فرج فودة المناظرة المهمة التي تمت في شهر يناير 1992 في معرض الكتاب داعيًا الله بأن يهتدى الجميع بهدى الإسلام، وأن يضعوه فى مكانه العزيز، بعيدًا عن الاختلاف والمطامع، ومع ذلك فقد قتله الإرهاب.
قال فرج فودة فى المناظرة، إن هناك نقاطًا تؤكد فشل ما سماه الدولة الدينية، فهناك فارق بين الإسلام الدين فى أعلى عليين، وبين الدولة، فهى كيان سياسى واقتصادى واجتماعى، كما أن مَن ينادون بالدولة الدينية لا يقدمون برنامجًا سياسيًا للحكم، مؤكدًا أن الحل هو فصل الدين عن الدولة تمامًا.
قتل الإرهابيون فرج فودة لأنه "يفكر" لأن أفكاره مغايرة لما يحفظون كما ظهرت فى كتبه "الحقيقة الغائبة، الملعوب، زواج المتعة، نكون أو لا نكون، حوارات حول الشريعة، الوفد والمستقبل، حتى لا يكون كلام فى الهواء، الطائفية إلى أين؟، حوار حول العلمانية، قبل السقوط"، إن أعمال فرج فودة تندرج فى إطار فك الارتباط بين السياسة الديمقراطية والتوظيف السلطوى لرجال الدين والدين نفسه، وكتابه "الحقيقة الغائبة" ليس كتابا فى التاريخ، وإنما رؤية فكرية وسياسية تستند إلى وقائع وحقائق التاريخ الإسلامى، وبمثابة رد على أولئك المتزمتين المتعصبين والمتشددين دينيًّا، الذين يهربون من التوثيق والتأصيل ويحيكون المخططات الإرهابية القمعية.