تعود فكرة إنشاء متحف للآثار المصرية فى مصر إلى محمد على باشا الذى كان واليا لمصر منذ عام 1805 إلى 1848، وفى محاولة لوقف تصدير الآثار أصدر قرارًا فى 15 أغسطس 1835 بإنشاء أول متحف مصرى للآثار فى القاهرة فى مبنى بالقرب من حديقة الأزبكية صممه حكيان أفندى، وأدار المجموعة يوسف ضياء أفندى فى الوقت نفسه أمر الشيخ رفاعة الطهطاوى المسئول عن أعمال التنقيب عن الآثار المصرية والمحافظة عليها بعدم إجراء المزيد من الحفريات دون إذنه، وأعلن أن تصدير المصنوعات اليدوية من مصر ممنوع منعا باتا وأنه سيتم نقل جميع المكتشفات إلى متحف الأزبكية.
في عام 1851 في عهد عباس الأول تم نقل المجموعة الأثرية بأكملها من الأزبكية إلى إحدى القاعات داخل قلعة صلاح الدين، حيث كانت متاحة فقط للزوار الخاصين، وفى عام 1854 عُرضت معظم القطع على وريث العرش النمساوي الأرشيدوق ماكسيميليان، الذي أبدى اهتمامًا كبيرًا بها خلال زيارته لمصر.
في عام 1858 عين الوالي سعيد باشا عالم المصريات الفرنسي أوجست مارييت مديرًا لمتحف جديد في منطقة بولاق بالقاهرة، تم إرسال مارييت في مهمة إلى مصر من قبل متحف اللوفر وسرعان ما حققت اكتشافات مهمة، بما في ذلك سراديب الموتى في السيرابيوم في سقارة، كان مبنى المتحف هذا قد استوعب في الأصل شركة النيل للملاحة في ميناء بولاق، الذي يقع الآن بالقرب من مبنى التليفزيون ووزارة الخارجية.
في عام 1859 بعد اكتشاف معدات جنازة الملكة أحوتب في درعة أبو النجا في طيبة منح الخديوى إسماعيل أموالًا لتوسيع المبنى تم الافتتاح الرسمي لمتحف بولاق في 18 أكتوبر 1863 بحضور الخديوى إسماعيل، ومع ذلك سرعان ما أصبح المتحف أصغر من أن يستوعب جميع القطع الأثرية التي استمرت في إضافتها إلى المجموعة الأصلية وبحلول عام 1869 تم توسيع المبنى مرة أخرى وأسفرت فيضانات النيل عام 1878 عن أضرار جسيمة للمتحف وظل مغلقًا أمام الجمهور لإصلاحه ، حتى أعيد افتتاحه في عام 1881، احتمالية حدوث فيضانات في المستقبل، إلى جانب اكتشاف عام 1881 المومياوات الملكية في الدير البحري أكد أن المتحف بحاجة إلى أماكن جديدة.
شهد هذا العام أيضًا وفاة مارييت فخلفه عالم المصريات الفرنسي من أصول إيطالية، جاستون ماسبيرو ، مديرًا لمتحف بولاق وقسم الآثار وبحلول عام 1890 ، زاد الحجم الإجمالي للمجموعة بما يتجاوز قدرة متحف بولاق على احتواء عدد متزايد من الأشياء استجابة لذلك ، تم نقل المجموعة بأكملها إلى قصر إسماعيل باشا في الجيزة ، الواقع في منطقة حديقة حيوان الجيزة الحالية.
لم تتم تهيئة قصر إسماعيل باشا ليعمل كمتحف وخاصة لعرض المنحوتات الأثرية وأصبحت الحاجة إلى متحف جديد أكثر إلحاحًا وفقا لما ذكره موقع المتحف المصرى وعندما تم اكتشاف مخبأ من توابيت الأسرة الحادية والعشرين ومومياوات كهنة وكاهنات آمون في باب القوص بالدير البحري خلال نفس العام، لم يكن قصر إسماعيل باشا آمنًا ولا كبيرًا بما يكفي لإيواء مئات الأشياء التي تصل بانتظام من الحفريات، علاوة على ذلك ، افتقر القصر إلى مساحة للمختبرات والمكتبة والمكاتب الإدارية، مما جعل من الصعب إنشاء مؤسسة تعمل بشكل جيد.
في مارس 1893 اجتمعت وزارة الأشغال العامة لمناقشة ما إذا كان سيتم إنشاء متحف جديد للآثار أو مجرد الاحتفاظ بالمجموعات في قصر إسماعيل باشا ، بعد إجراء بعض التجديدات على المبنى كان المدير الجديد لمصلحة الآثار ، جاك دي مورجان (1892-1897)، هو الذي حث الحكومة المصرية على بناء متحف جديد.
بين عامي 1893 و 1895 بعد وقت قصير من افتتاح متحف قصر إسماعيل باشا، أعلنت لجنة رسمية من وزارة الأشغال العامة عن مسابقة دولية لتصميم متحف مصري جديد ومنحت جائزة قدرها 1000 جنيه مصري للفائز.
بعدها تقرر بناؤه في وسط المدينة ، في ميدان الإسماعيلية أو ميدان التحرير بين النيل وثكنات قصر النيل البريطانية تم تقديم سبعة وثمانون اقتراحًا لمشروع البناء الجديد ، وأخيراً تم اختيار تصميم الهيكل الكلاسيكي الجديد من قبل المهندس المعماري الفرنسي مارسيل دورجنون.