من الشخصيات الشهيرة في التاريخ الإسلامي محمد بن أبى بكر، فقد ارتبط ذكره بأخطر مرحلة في التاريخ الإسلامي، هي مرحلة "الفتنة الكبرى" التي بلغت ذروتها بمقتل الخليفة الصحابي عثمان بن عفان في سنة 35 هجرية.
وبعدما تولى الإمام على بن أبى طالب الخلافة أرسل محمد بن أبي بكر إلى مصر لكي يأخذ الولاية من عمر بن العاص الذي كان من أنصار معاوية بن أبي سفيان، فثار أهل مصر بتحريض من عمر بن العاص على محمد بن أبي بكر وانفضت قواته من حوله وتركوه حتى قتله معاوية بن خديج بأمر من معاوية بن أبي سفيان.
وهنا قرر الإمام علي بن أبي طالب كرم الله وجهه أن يرسل الأشتر النخعي إلى مصر لحسم الصراع الدائر هناك وتسلم زمام القيادة بعد مقتل محمد بن أبي بكر.
واتفق ابن كثير والطبري أن محمد بن أبي بكر تطاول على معاوية بن خديج، وعمرو بن العاص ومعاوية بن أبي سفيان وهو ما أثار غضب معاوية بن خديج فقتله ثم وضعه في جثة حمار وأحرقه بالنار.
وعن ذلك يقول ابن كثير في كتابه "البداية والنهاية": "لما بلغ ذلك عائشة بنت أبي بكر زوجة النبي، جزعت عليه جزعا شديدا وضمت عياله إليها، وكان فيهم ابنه القاسم، وجعلت تدعو على معاوية وعمرو بن العاص دبر الصلوات، بينما قال ابن الأثير: "انهزم محمد ودخل خربة، فأخرج منها وقت، وأحرق في جوف حمارًا ميت، قيل قتله معاوية بن حديج السكوني، وقيل قتله عمرو بن العاص صبرا"، ولما بلغ عائشة قتله اشتد عليها، وقالت: كنت أعده ولدا وأخا، ومذ أحرق لم تأكل عائشة لحما مشويا".
تشير بعض الروايات إلى أن معاوية بن خديج قتل محمد بن أبي بكر انتقاما من مشاركته بقتل الخليفة الثالث عثمان بن عفان. في حين أن مسؤولية محمد بن أبي بكر مختلف عليها.